生信學(xué)習(xí)筆記（1）
R是一種編程語言典蝌，也是統(tǒng)計計算和繪圖的環(huán)境，它匯集了許多函數(shù)头谜，能夠提供強(qiáng)大的功能骏掀。總而言之柱告，R是數(shù)據(jù)整理和可視化的利器截驮。
關(guān)于R的安裝及環(huán)境配置，詳情參考B站鏈接（果子學(xué)生信）：環(huán)境配置教程
習(xí)慣
1_養(yǎng)成以project新建工作路徑的習(xí)慣：RStudio→file→New Project→New Directory→New Project→Directory name→Create project
2界面熟悉
3新建腳本和保存腳本际度，每次處理完畢將腳本葵袭、數(shù)據(jù)、圖片均存儲在當(dāng)前工作路徑下乖菱。
響應(yīng)
對于使用R時最常見的幾類命令響應(yīng)及處理坡锡，嘗試去解讀輸出結(jié)果，最關(guān)鍵的是處理報錯error窒所，其他的幾類可忽視鹉勒。
R包安裝
R包常見的安裝方式有以下幾種，詳情見：R安裝的幾種方式
1吵取、R內(nèi)置包禽额，運行 install.package("R包名字")，對普通的R包皮官，一般下載不了都是包的名字打錯了脯倒，或者是R的版本不夠实辑，如果下載了安裝不了，一般是依賴包沒弄好藻丢，或者你的電腦缺少一些庫文件徙菠，如果實在是找不到或者下載慢，一般就用repos=來切換一些鏡像郁岩。
2婿奔、bioconductor上的包，作為醫(yī)學(xué)最常用的R包问慎，每次學(xué)習(xí)一個R包萍摊，你的生信都會上升一個臺階。通常使用BiocManager::install(“R包名稱”)如叼，前提是你安裝了BiocManager
3冰木、是直接找到包的下載地址，需要進(jìn)入包的主頁笼恰。
4踊沸、先把包下載到本地，然后安裝社证，這種形式大部分安裝都無法成功逼龟，因為R包之間的依賴性很強(qiáng)。
TIPS
1追葡、在運行R的時候常見會出現(xiàn)多種網(wǎng)絡(luò)問題無法安裝的R包（尤其BiocManager的包）腺律，最常使用的辦法先嘗試調(diào)換鏡像，可以在tools→global options→packages→primary CRAN repository選擇宜肉，常使用清華或者同濟(jì)的鏡像匀钧。
或者運行如下兩行代碼，詳情見：BiocManager無法安裝R包
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
2谬返、出現(xiàn)亂碼的解決方案:UTF-8
