plots這個(gè)block 中府蛇，支持許多的圖表類型判帮，scatter plot是最常用的一種轨奄。用法如下：
關(guān)于file文件的內(nèi)容净宵，在之前的文章中已經(jīng)詳細(xì)介紹過(guò)敲才。r0和r1定義圓環(huán)的位置，max和min定義y軸的最小值和最大值择葡，剩余的幾個(gè)參數(shù)控制散點(diǎn)的外觀紧武。
glyph表示點(diǎn)的形狀，circle代表圓形敏储，triangle代表三角形阻星，rectangle代表矩形；glyph_size控制點(diǎn)的大幸烟怼妥箕；fill_color控制點(diǎn)的填充色，stroke_color控制邊框的顏色更舞。
關(guān)于scatter plot, 在軟件的安裝目錄下畦幢，有對(duì)應(yīng)的默認(rèn)配置
etc/tracks/scatter.conf
oritenation表示方向，in表示從r0到r1, out表示從r1到r0
在plot中疏哗，可以插入backgrounds, axes, rules3種block
1. backgrounds
用法如下:
backgrounds 定義背景色呛讲，每個(gè)定義一個(gè)區(qū)域的背景色禾怠，這個(gè)區(qū)域由y0和y1定義返奉。
在plot中贝搁， max和min分別定義了y軸的最大值和最小值，這里的y0和y1對(duì)應(yīng)的就是y軸的值芽偏；y0代表起始位置雷逆，y1代表終止位置；如果只指定了y0和y1中的一個(gè)污尉，需要參考鄰近區(qū)域和max,min的值作出判斷
在上圖的第一個(gè)background中膀哲，只指定了y0 = 0.006,從其他結(jié)果background的設(shè)置可以推測(cè)出，此時(shí)的y1 = max;
上面的例子中被碗，根據(jù)y軸的值劃分了3個(gè)區(qū)域某宪，定義了3種不同 的背景色
min到0.002，背景色為
vvlred0.002到0.006锐朴，背景色為
vlgrey0.006到max, 背景色為
vvlgreen
2. axes
用法如下：
axes定義y軸的刻度線兴喂，由多個(gè)axis構(gòu)成。和backgrounds 一樣焚志，根據(jù)y0和y1定義區(qū)域衣迷，spacing定義刻度線的間隔。
刻度線的外觀由thickness和color兩個(gè)參數(shù)控制酱酬，thickness 控制線條的粗細(xì)程度壶谒，color控制線條的顏色。
3. rules
用法如下：
rules代表規(guī)則膳沽，由多個(gè)rule構(gòu)成汗菜；在每個(gè)rule中，conditioon設(shè)置規(guī)則挑社，var(value) > 0.006 表示 y軸的值大于0.006呵俏，當(dāng)滿足這個(gè)條件時(shí)，執(zhí)行rule中的其他語(yǔ)句滔灶，下面的示例中普碎，調(diào)整了value > 0.006的點(diǎn)的外觀。
最后看一個(gè)實(shí)例
這張圖中录平，除了染色體的圓環(huán)外麻车，還有3圈圓環(huán)，每一個(gè)圓環(huán)都是一張scatter plot, 而且都設(shè)置了背景色和刻度線斗这。
結(jié)合整幅圖的結(jié)構(gòu)和散點(diǎn)圖的用法动猬，理解下面的配置文件就非常簡(jiǎn)單了
<<include colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
karyotype ? = data/karyotype/karyotype.human.txt
chromosomes_units = 1000000
chromosomes ? ? ? = hs1;hs2;hs3
chromosomes_display_default = no
################################################################
#
# define 3 scatter plots, using the same data file
#
<plots>
# all are scatter plots
type ? ? ? ? ? ? = scatter
stroke_thickness = 1
# first plot shows all points and selectively formats points at small/large
# y-axis values to be red/green and triangles/rectangles
<plot>
file ? ? ? ? ? ? = data/6/snp.density.txt
fill_color ? ? ? = grey
stroke_color ? ? = black
glyph ? ? ? ? ? ?= circle
glyph_size ? ? ? = 10
max ? = 0.013
min ? = 0
r1 ? ?= 0.95r
r0 ? ?= 0.65r
# optional y0/y1 values (absolute or relative) in <background> blocks
# define the start/end limits of background color
#
# y0 = 0.006
# y0 = 0.75r
<backgrounds>
<background>
color ? ? = vvlgreen
y0 ? ? ? ?= 0.006
</background>
<background>
color ? ? = vlgrey
y1 ? ? ? ?= 0.006
y0 ? ? ? ?= 0.002
</background>
<background>
color ? ? = vvlred
y1 ? ? ? ?= 0.002
</background>
</backgrounds>
<axes>
<axis>
color ? ? = lgreen
thickness = 1
spacing ? = 0.05r
y0 ? ? ? ?= 0.006
</axis>
<axis>
color ? ? = dgreen
thickness = 2
spacing ? = 0.1r
y0 ? ? ? ?= 0.006
</axis>
<axis>
color ? ? = lgrey
thickness = 1
spacing ? = 0.05r
y1 ? ? ? ?= 0.006
y0 ? ? ? ?= 0.002
</axis>
<axis>
color ? ? = dgrey
thickness = 2
spacing ? = 0.1r
y1 ? ? ? ?= 0.006
y0 ? ? ? ?= 0.002
</axis>
<axis>
color ? ? = lred
thickness = 1
spacing ? = 0.05r
y1 ? ? ? ?= 0.002
</axis>
<axis>
color ? ? = dred
thickness = 2
spacing ? = 0.1r
y1 ? ? ? ?= 0.002
</axis>
</axes>
<rules>
<rule>
condition ? ?= var(value) > 0.006
stroke_color = dgreen
fill_color ? = green
glyph ? ? ? ?= rectangle
glyph_size ? = 8
</rule>
<rule>
condition ? ?= var(value) < 0.002
stroke_color = dred
fill_color ? = red
glyph ? ? ? ?= triangle
</rule>
</rules>
</plot>
# the second plot is a crop of the first plot, placed outside
# the ideogram circle, showing only points with large y-values
<plot>
file ? ? ? ? ? ? = data/6/snp.density.txt
fill_color ? ? ? = green
stroke_color ? ? = dgreen
glyph ? ? ? ? ? ?= rectangle
glyph_size ? ? ? = 8
max ? = 0.013
min ? = 0.007
r1 ? ?= 1.175r
r0 ? ?= 1.075r
<backgrounds>
# you can stack backgrounds by using transparent color
<background>
color ? ? = vlgreen_a4
y0 ? ? ? ?= 0.75r
</background>
<background>
color ? ? = vlgreen_a4
y0 ? ? ? ?= 0.5r
</background>
<background>
color ? ? = vlgreen_a4
y0 ? ? ? ?= 0.25r
</background>
<background>
color ? ? = vlgreen_a4
</background>
</backgrounds>
<axes>
<axis>
color ? ? = green_a3
thickness = 2
spacing ? = 0.1r
</axis>
</axes>
<rules>
<rule>
condition ? ?= var(value) < 0.007
show ? ? ? ? = no
</rule>
</rules>
</plot>
# the third plot is a crop of the first plot, placed closer to the
# center of the circle, showing only points with small y-values
<plot>
file ? ? ? ? ? ? = data/6/snp.density.txt
fill_color ? ? ? = red
stroke_color ? ? = dred
glyph ? ? ? ? ? ?= rectangle
glyph_size ? ? ? = 8
max ? = 0.0015
min ? = 0.000
r1 ? ?= 0.60r
r0 ? ?= 0.35r
<backgrounds>
<background>
color ? ? = vlred_a4
y1 ? ? ? ?= 0.25r
</background>
<background>
color ? ? = vlred_a4
y1 ? ? ? ?= 0.5r
</background>
<background>
color ? ? = vlred_a4
y1 ? ? ? ?= 0.75r
</background>
<background>
color ? ? = vlred_a4
</background>
</backgrounds>
<axes>
<axis>
color ? ? = red_a5
thickness = 1
spacing ? = 0.025r
</axis>
<axis>
color ? ? = red_a3
thickness = 2
spacing ? = 0.1r
</axis>
</axes>
<rules>
<rule>
condition ? ?= var(value) > 0.002
show ? ? ? ? = no
</rule>
</rules>
</plot>
</plots>
<<include etc/housekeeping.conf>>