circRNA的ceRNA機(jī)制研究文獻(xiàn)解讀

文獻(xiàn)摘要

非編碼RNA已經(jīng)顯示調(diào)節(jié)多種惡性腫瘤的腫瘤進(jìn)展的基因表達(dá)尸昧,以前的研究表明节榜,大型腫瘤抑制激酶1(LATS1)在胃癌(GC)中起腫瘤抑制劑的作用唁影,但是暴浦,非編碼RNAs調(diào)節(jié)胃癌(GC)中LATS1表達(dá)的潛在分子機(jī)制尚未確定乎赴。作者通過(guò)TCGA RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析LATS1和has-miR-424-5p(miR-424)表達(dá)與GC患者的臨床病理學(xué)特征和預(yù)后的相關(guān)性爆存,通過(guò)circRNA表達(dá)譜和生物信息學(xué)分析诬留,鑒定出新的環(huán)狀RNA_LARP4(circLARP4)可以吸引miR-424缨睡,然后使用雙熒光素酶測(cè)定法和RNA免疫沉淀(RIP)測(cè)定來(lái)證實(shí)miR-424與LATS1或circLARP4之間的結(jié)合位點(diǎn)和二。通過(guò)熒光原位雜交(FISH)技術(shù)檢測(cè)circLARP4在GC組織中的表達(dá)和定位徘铝,進(jìn)行MTT,克隆形成惯吕,Transwell和EdU測(cè)定來(lái)評(píng)估m(xù)iR-424或circLARP4對(duì)細(xì)胞增殖和侵襲的影響惕它。

image

結(jié)果表明GC患者miR-424表達(dá)增加或LATS1表達(dá)降低與病理分期和預(yù)后不良有關(guān)。miR-424的異位表達(dá)通過(guò)靶向LATS1基因促進(jìn)GC細(xì)胞的增殖和侵襲废登。此外淹魄,circLARP4主要定位于細(xì)胞質(zhì)中,通過(guò)作為miR-424的海綿吸附體抑制GC細(xì)胞的生物學(xué)功能堡距。circLARP4可能是GC中一種新的腫瘤抑制因子和潛在的生物標(biāo)志物甲锡。

image

為了說(shuō)明circLARP4通過(guò)作為miR-424的海綿吸附體影響其對(duì)下游靶標(biāo)基因LATS1 Mrna的翻譯,作者分為兩個(gè)方面進(jìn)行說(shuō)明:
(1)GC細(xì)胞中miR-424與LATS1 Mrna互作抑制LATS1的表達(dá)從而促進(jìn)細(xì)胞的生長(zhǎng)羽戒;(2)circLARP4對(duì)miR-424的吸附抑制細(xì)胞生長(zhǎng)缤沦。下面我們就來(lái)看作者是如何來(lái)對(duì)主題進(jìn)行說(shuō)明的。

1易稠、GC細(xì)胞的miR-424高表達(dá)并以LATS1 mRNA為靶標(biāo)促進(jìn)細(xì)胞生長(zhǎng)和侵襲

(1)MiR-424-5p與GC中的LATS1表達(dá)呈負(fù)相關(guān)

作者在之前的研究中表明LATS1在GC的表達(dá)比對(duì)應(yīng)的正常細(xì)胞中的含量很低缸废,作者進(jìn)一步通過(guò)使用癌癥基因組圖譜(TCGA)在人胃腺癌(GAC)組織(n = 387)和鄰近的正常組織(n = 41)以及配對(duì)的GAC組織(n= 41)中驗(yàn)證了LATS1的低表達(dá)(下圖a)。許多研究表明,miRNA通過(guò)抑制其靶基因的表達(dá)而在GC發(fā)育中起關(guān)鍵作用企量,作者推測(cè)LATS1可能受GC中的miRNA調(diào)控测萎,于是利用StarBase v2.0,Pictar和miRanda軟件預(yù)測(cè)了靶向LATS1基因3'-UTR的潛在miRNA届巩,并鑒定了5個(gè)可以與非常高嚴(yán)緊度的LATS1基因3'UTR結(jié)合的miRNA硅瞧,此外,作者研究了GAC中這些miRNA的表達(dá)水平恕汇,相關(guān)性分析顯示零酪,除has-miR-15b-5p之外,其他miRNA與LATS1表達(dá)呈負(fù)相關(guān)拇勃,其中miR-424-5p(miR-424) 與LATS1表達(dá)相關(guān)性最強(qiáng)(下圖b1-b5)。

image

(2)miR-424以LATS1 mRNA為靶標(biāo)促進(jìn)GC細(xì)胞的生長(zhǎng)和侵襲

證實(shí)了miR-424與LATS1在GC組織中的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)孝凌,那么LATS1是否是GC細(xì)胞中miR-424的靶基因呢方咆?于是作者進(jìn)行了下面的研究:首先利用mirPath v.3軟件來(lái)驗(yàn)證miR-424是否與LATS1信號(hào)通路相關(guān),結(jié)果是KEGG富集分析表明miR-424主要通過(guò)其中LATS1是核成員的Hippo信號(hào)傳導(dǎo)途徑富集蟀架;然后通過(guò)qRTPCR檢測(cè)GC細(xì)胞系中miR-424和LATS1的表達(dá)水平瓣赂,發(fā)現(xiàn)LATS1表達(dá)水平較低,而miR-424表達(dá)水平較高片拍,與LESS1表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)(下圖A)煌集。miR-424 mimics(60μM)和miR-424 inhibit(80μM)分別轉(zhuǎn)染miR-424低表達(dá)的HGC-27細(xì)胞和miR-424高表達(dá)的MKN-28細(xì)胞48小時(shí)后,qRT-PCR和Western印跡分析顯示HGC-27細(xì)胞中miR-424的表達(dá)顯著增加并且miR-424模擬物組中LATS1的表達(dá)降低(下圖B和C)捌省。熒光素酶實(shí)驗(yàn)表明HGC-27細(xì)胞中miR-424 mimics野生型LATS13'UTR的熒光素酶活性明顯降低苫纤,而MKN-28細(xì)胞中miR-424 inhibit與NC組相比顯著升高,突變型LATS1 3'UTR的熒光素酶活性在miR-424 mimics或inhibit與NC組之間沒(méi)有差異(下圖D)纲缓。說(shuō)明miR-424以LATS1 3'UTR為靶標(biāo)抑制蛋白的表達(dá)卷拘。

image

2、circLARP4作為miR-424的海綿吸附體抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)

(1)circLARP4主要分布于腫瘤細(xì)胞質(zhì)中影響細(xì)胞的生長(zhǎng)和侵襲

越來(lái)越多的證據(jù)表明祝高,circRNAs作為miRNAs的海綿吸附體的一種新型的ncRNAs栗弟,調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄并與參與腫瘤發(fā)生的RBPs相互作用。為了鑒定在GC中作為miR-424海綿吸附體的的circRNA工闺,作者應(yīng)用circRNA表達(dá)譜和circBase和microRNA.org軟件篩選出30個(gè)可以吸附并結(jié)合到miR-424的circRNA(下圖a)乍赫,通過(guò)限定條件這15個(gè)circRNA中只有circ_101057符合條件,作者將circ_101057命名為circLARP4陆蟆。根據(jù)qRT-PCR分析雷厂,與線性LARP4相比,circLARP4對(duì)RNaseR核酸外切酶誘導(dǎo)的消化產(chǎn)生抗性遍搞,證明細(xì)胞中circLARP4環(huán)狀結(jié)構(gòu)的存在(下圖c)罗侯。通過(guò)qRT-PCR分別檢測(cè)細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核RNA分析顯示,circLARP4大多數(shù)位于細(xì)胞質(zhì)中(下圖d)溪猿。 此外钩杰,作者利用FISH來(lái)檢測(cè)circLARP4在GC組織細(xì)胞中的表達(dá)水平和定位纫塌,發(fā)現(xiàn)circLARP4在GC組織中的表達(dá)低于鄰近正常組織(下圖e)。

image

(2)circLARP4作為miRNA的海綿吸附體抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)

由于circRNA可以作為miRNAs海綿讲弄,而circLARP4在細(xì)胞質(zhì)中穩(wěn)定分布措左,于是作者首先應(yīng)用ComiR預(yù)測(cè)工具以及circLARP4基因組序列來(lái)預(yù)測(cè)得到可能與circLARP4結(jié)合的5種miRNA,然后用這5種miRNA進(jìn)行熒光素酶檢測(cè)避除,將pMIR-Luc-circLARP4的螢光素酶報(bào)道質(zhì)粒與每種miRNA mimics共轉(zhuǎn)染到HEK-293T細(xì)胞中怎披,與陰性對(duì)照(NC)相比,miR-424將熒光素酶報(bào)道基因活性降低約75%(下圖A)瓶摆,表明與其他4種miRNA相比凉逛,miR-424與circLARP4結(jié)合的可能性更大。miR-424inhibit增加野生型LATS13'UTR的熒光素酶活性群井,而對(duì)突變型LATS1 3'UTR的熒光素酶活性無(wú)影響(下圖B)状飞。此外,作者對(duì)細(xì)胞中的AGO2進(jìn)行了RNA免疫沉淀(RIP)书斜,并通過(guò)qRT-PCR分析AGO2拉下來(lái)的內(nèi)源性circLARP4和miR-424的表達(dá)水平诬辈,結(jié)果表明,Ago2抗體從細(xì)胞裂解物中沉淀出AGO2蛋白和大量的circLARP4和miR-424(下圖C)荐吉。MTT實(shí)驗(yàn)分析circLARP4的表達(dá)減弱了HGC-27細(xì)胞中由miR-424引起的增殖作用焙糟,敲低circLARP4減弱了miR-424inhibit對(duì)MKN-28細(xì)胞的抗增殖作用(下圖D)。這些結(jié)果說(shuō)明了circLARP4能夠作為miR-424的海綿吸附體样屠,抑制其在GC細(xì)胞中對(duì)細(xì)胞增殖的促進(jìn)作用穿撮。

image

文獻(xiàn)原文:Jing Zhang,Hui Liu,Lidan Hou,et al. Circular RNA_LARP4 inhibits cellproliferation and invasion of gastric cancer by sponging miR-424-5p and regulatingLATS1 expression[J].Molecular Cancer,2017, 16:151

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市痪欲,隨后出現(xiàn)的幾起案子混巧,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖勤揩,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,839評(píng)論 6 482
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件咧党,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異,居然都是意外死亡陨亡,警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī),發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,543評(píng)論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門(mén)负蠕,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái),“玉大人遮糖,你說(shuō)我怎么就攤上這事绣的。” “怎么了?”我有些...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 153,116評(píng)論 0 344
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵芭概,是天一觀的道長(zhǎng)惹苗。 經(jīng)常有香客問(wèn)我,道長(zhǎng),這世上最難降的妖魔是什么玷或? 我笑而不...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 55,371評(píng)論 1 279
  • 正文 為了忘掉前任位他,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上窿冯,老公的妹妹穿的比我還像新娘芜赌。我一直安慰自己缠沈,他們只是感情好禽篱,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 64,384評(píng)論 5 374
  • 文/花漫 我一把揭開(kāi)白布玛界。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般洲敢。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上皱碘,一...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 49,111評(píng)論 1 285
  • 那天询一,我揣著相機(jī)與錄音,去河邊找鬼癌椿。 笑死家凯,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的如失。 我是一名探鬼主播绊诲,決...
    沈念sama閱讀 38,416評(píng)論 3 400
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開(kāi)眼,長(zhǎng)吁一口氣:“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼褪贵!你這毒婦竟也來(lái)了掂之?” 一聲冷哼從身側(cè)響起抗俄,我...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 37,053評(píng)論 0 259
  • 序言:老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎世舰,沒(méi)想到半個(gè)月后动雹,有當(dāng)?shù)厝嗽跇?shù)林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,558評(píng)論 1 300
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡跟压,尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 36,007評(píng)論 2 325
  • 正文 我和宋清朗相戀三年胰蝠,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片震蒋。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 38,117評(píng)論 1 334
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡茸塞,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出查剖,到底是詐尸還是另有隱情钾虐,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 33,756評(píng)論 4 324
  • 正文 年R本政府宣布笋庄,位于F島的核電站效扫,受9級(jí)特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏直砂。R本人自食惡果不足惜菌仁,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,324評(píng)論 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望静暂。 院中可真熱鬧济丘,春花似錦、人聲如沸籍嘹。這莊子的主人今日做“春日...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 30,315評(píng)論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)辱士。三九已至,卻和暖如春听绳,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間颂碘,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 31,539評(píng)論 1 262
  • 我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工椅挣, 沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留头岔,地道東北人。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 45,578評(píng)論 2 355
  • 正文 我出身青樓鼠证,卻偏偏與公主長(zhǎng)得像峡竣,于是被迫代替她去往敵國(guó)和親。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子量九,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 42,877評(píng)論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容

  • 文獻(xiàn)摘要越來(lái)越多的證據(jù)表明環(huán)狀RNAs(circRNA)是在腫瘤發(fā)生中起重要作用适掰。然而颂碧,circRNA在三陰性乳腺...
    Ray錢(qián)閱讀 749評(píng)論 0 3
  • 本文是Xcode這一iOS開(kāi)發(fā)工具的使用筆記,后續(xù)相關(guān)內(nèi)容會(huì)更新至此文类浪。 快捷鍵 1.顯示/隱藏左载城、下、右導(dǎo)航器面...
    進(jìn)無(wú)盡閱讀 984評(píng)論 3 0
  • 我的名字叫劉紅梅费就,聽(tīng)起來(lái)是一個(gè)普通名字既老土又大眾化,但是它卻具有非常主要的意義诉瓦。有一句詩(shī)這樣寫(xiě)到“愿留(劉)詩(shī)書(shū)...
    bcd66852a3e6閱讀 539評(píng)論 0 0
  • 昨天是平安夜,收到幾個(gè)學(xué)生的小禮物力细,禮物多的老師滿(mǎn)桌子都是花花綠綠睬澡。想自己學(xué)生時(shí)代也是一腔真心的準(zhǔn)備禮物,給相處好...
    臭小媽媽閱讀 109評(píng)論 0 0