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- linux 基礎(chǔ)部分:介紹sed和grep時是以常見生物格式文件為例進行介紹得礁鲁。有bioawk 基礎(chǔ)、正則、Singularity 容器創(chuàng)建
- 序列獲取與整理
- 測序?qū)嶒炘O(shè)計谬俄。
- 基因組組裝與注釋、重復(fù)序列鑒定和比較基因組
- 變異位點分析:包含Stacks弃理、GATK溃论、Tassel、FreeBayes流程痘昌,示例數(shù)據(jù)介紹和流程腳本钥勋。
- RNA-seq:包含有參、無參辆苔、10X和DESeq2算灸。smallRNA部分目前只介紹了Miranda
-?ATAC-seq
-?Workflows:nextflow
-?數(shù)據(jù)可視化