隨著數(shù)據(jù)挖掘的高漲，大量ceRNA網(wǎng)絡(luò)的文章不斷涌現(xiàn)胡桨，感覺好像要爛大街的節(jié)奏勉耀，但仔細閱讀ceRNA的相關(guān)文章還是有一定的參考價值的瘫想。下面來學(xué)習(xí)下這篇文章
發(fā)表雜志：Frontiers in Cell and Developmental Biology
PMID:33344459
結(jié)果解讀
1.差異分析
去除低表達豐度的基因后，用DEseq2進行差異分析靡菇≈毓椋看這配色，好像是與生信技能樹小潔老師的代碼有相似之處厦凤。
2.富集分析
接下來分別對差異的mRNA進行GO/KEGG富集分析（分上調(diào)和下調(diào)基因）鼻吮，并將KEGG結(jié)果額外用netplot展示。
3.lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
miRTarBase: miRNA-mRNA
miRcode: lncRNA-miRNA
Cytoscape：ceRNA網(wǎng)絡(luò)展示
4.PPI網(wǎng)絡(luò)
作者根據(jù)STRING的confidence score >0.7作為閾值较鼓，篩選出66個DEmRNAs, 并根據(jù)這66個基因椎木，最終確定出7個hub genes，進行表達和預(yù)后分析博烂。
5.預(yù)后模型構(gòu)建
作者將ceRNA網(wǎng)站中的所有基因都進行uni-Cox分析（P < 0.01）為界香椎，共獲得21個目標(biāo)基因，隨后進行多因素逐步回歸禽篱，得到最小AICd的模型畜伐，共包含8個基因。
6.模型周邊
最后作者將模型的riskscore與臨床特征聯(lián)系谆级。
啟發(fā)：作者只是構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)烤礁，并構(gòu)建了預(yù)后模型讼积，并沒有進行驗證。不足之處還是挺明顯的脚仔，a.缺少外部數(shù)據(jù)集驗證勤众，b.缺少臨床樣本驗證，c.模型構(gòu)建后分析力度不夠鲤脏。
借鑒點：1. 富集分析時们颜，上調(diào)和下調(diào)基因分開計算；2.KEGG后用netplot展示猎醇。3.文章出發(fā)點KIRP窥突，在腎癌中是個小癌種。
