原文標題：APAtrap: identification and quantification of alternative polyadenylation sites from RNA-seq data
工具網(wǎng)址：https://sourceforge.net/projects/apatrap/
可變多聚腺苷酸 (APA)逐漸地被認為在轉(zhuǎn)錄組多樣性和基因表達調(diào)控中起到重要的作用仰冠。而目前RNA-seq數(shù)據(jù)又是特別的多簇抵，所以能夠使用新的計算方法從中提取和定量APA動態(tài)變化就特別的贊了衰抑。當然目前這個領(lǐng)域的研究還不是特別的多切平，并且傳統(tǒng)的方法要么依賴于轉(zhuǎn)錄本組裝來確定轉(zhuǎn)錄本的3'端或者是依賴于注釋的poly(A)為主秩彤。而且他們要么在一個基因中找不到多于2個poly(A)涵叮，要么在多于2個poly(A)時發(fā)現(xiàn)不了動態(tài)的APA使用谋国。于是作者基于均方差模型開發(fā)出APAtrap從RNA-Seq數(shù)據(jù)找到APA位點并且進行定量哨啃。
原文標題：Primer3_masker: integrating masking of template sequence with primer design software
工具網(wǎng)址：https://github.com/bioinfo-ut/primer3_masker/萨醒，https://github.com/primer3-org/primer3/
設(shè)計PCR引物對基因組的某個區(qū)域進行擴增基本上是每個要做濕實驗的人必做的事情斟珊。由于真核基因組存在大量的重復(fù)區(qū)和不太穩(wěn)定的區(qū)域，所以設(shè)計起來還是比較麻煩的富纸。作者開發(fā)了一個新的基于k-mer的工具囤踩，通過統(tǒng)計學(xué)方法在引物設(shè)計之前對DNA模板先過濾掉那些容易出錯的地方旨椒。這個工具他們稱之為 primer3_masker, 已經(jīng)加入Primer3豪華套餐。
