1.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫①Lnc2Cancer黍少、Lnc2Meth、LncACTdb处面、MSDD
2.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫②miRSponge厂置、Co-LncRNA、FACER
3.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫③LncMAP鸳君、LNCat
- 鄭寶童的簡書文檔規(guī)劃-V1 中已集齊哈醫(yī)大近些年來發(fā)的數(shù)據(jù)庫約30+农渊，相應(yīng)的文章蠻多都往NAR。tip:NAR比較傾向于接收數(shù)據(jù)庫類型的文章或颊。
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10.CellMarker
- CellMarker簡介
作者開發(fā)了CellMarker數(shù)據(jù)庫，旨在為人類和小鼠組織中的各種細(xì)胞類型提供一個全面传于、準(zhǔn)確的cell marker資源囱挑。
通過手工整理10萬多篇發(fā)表論文，共記錄了4124條信息沼溜，包括 cell marker information, tissue type, cell type, cancer information and source平挑。最后，收集了158個人體組織/亞組織中467個細(xì)胞類型的13605個cell marker和81個小鼠組織/亞組織中389個細(xì)胞類型的9148個cell marker，并將其保存在CellMarker石濟(jì)客專中通熄。CellMarker提供了一個用戶友好的界面唆涝，用于瀏覽、搜索和下載不同組織的不同細(xì)胞類型的marker唇辨。此外廊酣，通過一個生動的統(tǒng)計圖，以圖形和直觀的方式顯示了每種細(xì)胞類型中標(biāo)記物的普遍性赏枚。
CellMarker
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用戶可以用CellMarker做什么亡驰？
- 瀏覽人和小鼠不同組織中不同細(xì)胞的cell markers
- 檢索人類和小鼠感興趣的任何組織中特定細(xì)胞類型的cell markers
- 通過生動的統(tǒng)計圖獲得每種細(xì)胞類型中cell markers的prevalence 。
- 向CellMarker提交數(shù)據(jù)
- 下載人和小鼠不同組織不同細(xì)胞類型的cell markers
相關(guān)文獻(xiàn)
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018.
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11.GPA
- GPA簡介
基因微擾圖譜(GPA):一個單基因微擾資源庫饿幅，用于描述編碼和非編碼基因的功能機(jī)制特征凡辱。
（GPA）數(shù)據(jù)庫全面收集了蛋白質(zhì)編碼基因、miRNA和lncRNA（transcriptome profiles of protein coding genes, miRNAs and lncRNAs ）的transcriptome profiles 栗恩，這些基因受到人類和小鼠中基因敲除或過度表達(dá)的干擾透乾。GPA offers a wealth of information on differential expression patterns, comprehensive functional and pathway characterizations, enrichments of transcriptional factors and miRNAs, information flow in interaction network, and associations with cancers and drugs, together with extensive manually curated phenotype annotations.
GPA包含超過3000個不同細(xì)胞類型的單基因干擾轉(zhuǎn)錄組（17769個樣本），涉及628個蛋白質(zhì)編碼基因磕秤，95個miRNA续徽，14個人類miRNA和731個蛋白質(zhì)編碼基因，39個miRNA亲澡，78個小鼠miRNA钦扭。
GPA
數(shù)據(jù)庫help中也提供了詳細(xì)的使用教程
help
相關(guān)文獻(xiàn)
Gene Perturbation Atlas (GPA): a single-gene perturbation repository for characterizing functional mechanisms of coding and non-coding genes.
