前言

論一個氣場合適的導師的重要性宠蚂。
想起一個微信朋友前截圖

A：導師牛不牛求厕，師兄師姐牛不牛，跟你牛不牛沒有關(guān)系

B：你錯啦美浦，導師牛不牛浦辨，師兄師姐牛不牛沼沈，很大程度上決定我牛不牛案腺。

演示招式

其實有時候劈榨，導師經(jīng)常把他認為最重要的point掛在嘴邊同辣，我們可能沒有認真體會過惭载。之所以不停的提醒，那是因為他的火眼金睛看出來棒妨，我們還沒領(lǐng)悟到券腔。

我第一次見到導師時拘泞，他給了我一個寫mini proposal的機會，讓我感動的是辱魁，他不僅不斷的為我考慮mini proposal的選題染簇，還不斷的透露他的想法强岸，幫助我找到proposal的方向。當他問我有沒有準備proposal（當時可能聽差了，以為老師想問我是否現(xiàn)在有準備好proposal給他看）我說沒有十绑，然后他以為我從未寫過proposal酷勺，所以他直接站起來走到白板前，一邊給我解釋proposal框架應(yīng)該包含什么內(nèi)容甚亭，每個內(nèi)容的要點，并一邊寫下了這幾個單詞役纹。

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通過導師不嫌棄我的“無知”促脉，還有他對學生的包容及教導策州，我從心里認定够挂，這就是我要找的導師。

訓練上手

可是寫proposal和看文獻有什么關(guān)系翱莞浴梭姓？誉尖？我想，寫故事和看故事的思路是一樣的琢感，寫的人要寫的清楚探熔，那么看的人也要盡量把作者的意圖給看出來诀艰。首先把框架列出來，然后文獻搬出來苛蒲，按照框架去看文獻绿满，不僅可以對整個故事有大概的把握，而且可以治過目即忘的看文獻不良反應(yīng)嚎货。

（1）background（2）gaps（3）hypothesis（4）aims（5）approaches（6）major results（7）remaing questions

舉個例子

這里我就找一篇故事相對簡單的文章來解釋一下蔫浆。時間問題克懊，我就不把英文轉(zhuǎn)成中文了，將就著看吧墙懂。

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Nat Med.2018 Jul;24(7):939-946. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0050-6

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(1) Background and gaps:

CRISPR/Cas9 are powerful tools for us to engineer genomes of human cells. However, it is relatively difficult to engineer human pluripotent cells (hPSCs). The mechanism is still unclear.
CRISPR/Cas9的出現(xiàn)極大的增強了人類在基因編輯上的能力，但相對于鼠和人腫瘤細胞系剩瓶，CRISPR/Cas9在人多能干細胞（human pluripotent cells, hPSCs）上的編輯仍然較為艱難延曙，具體原因不詳亡哄。

(2) Hypothesis and aims
The double-strand breaks (DSBs) caused by Cas9 will arouse toxicity and kill hPSCs.
Aim: to investigate the reasons of the high toxicity of CRISPR-Cas9 editing in hPSCs.
假設(shè)是由于Cas9引起的DNA切口造成了細胞毒性蚊惯，目的旨在研究CRISPR-Cas9在人多能干細胞中高毒性的原因。

(3) Major approaches
Third-generation doxycycline (dox) inducible CRISPR-Cas9 system (henceforth iCas9);
Dox-inducible enhanced Cas9 (ieCas9)
構(gòu)建了Dox（多西環(huán)素）依賴的CRISPR-Cas9誘導性敲除細胞（往下叫iCas9）趴荸，同時構(gòu)建了增強版的iCas9，叫ieCas9.

以上內(nèi)容是我在摘要以及文中節(jié)選的我認為重要的內(nèi)容。下面還是簡單的介紹一下相關(guān)的術(shù)語（這也是在沒有背景知識的情況下笼平，閱讀文章應(yīng)該做到的事情）

CRISPR-Cas9：耳熟能詳舔痪，就一編輯基因的工具
sgRNA：single guide RNA锄码，幫助CRISPR-Cas9識別靶點的小幫手
DSBs：DNA雙鏈斷裂
p53：大名鼎鼎的tumor suppress protein，在細胞中維持基因穩(wěn)定性痛悯，當識別到有基因錯出錯時重窟，會因為細胞走向凋亡程序，排除異己扭仁，從而維持基因的穩(wěn)定性乖坠。
HDR：同源修復刀闷，就是DNA被打斷啦，最后又接上了的故事戈次。

前言其實有介紹筒扒，簡而言之就是CRISPR-Cas9在人多能干細胞上的編輯相對困難花墩，之前一直沒發(fā)現(xiàn)是因為基因編輯效率低，毒性作用就自然不明顯了和泌，為了將毒性效應(yīng)放到臺面上來祠肥，作者呢構(gòu)建了上面我們說的iCas9和ieCas9系統(tǒng)，先將CRISPR-Cas9的編輯效率拉到百分之90以上（我沒有把這部分結(jié)果放上來）县恕。

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再插播一下我碩士導師教給我的看文獻還有想課題的方法

先設(shè)頭和尾忠烛，再去補中間美尸。不管是什么課題，都是基于臨床上恕酸、現(xiàn)實中的問題和現(xiàn)象來設(shè)定屹耐。所以首先要看到現(xiàn)象，其次通過現(xiàn)象寿弱，把頭找出來按灶。

可以簡單思考一下鸯旁，既然假設(shè)DSB是造成Cas9毒性的原因之一，那么是一定要對比有無DSB情況下細胞的活力情況的铺罢。

（1）作者用CRISPR-Cas9敲除了一個對細胞存活無關(guān)痛癢的基因MAPT，排除了基因敲除的影響缩滨。查看有無DSB情況下的細胞存活情況脉漏，從圖d-e中可以看到，在Dox的引導下侧巨，Cas9造成了DSB切口鞭达，敲除了MAPT皇忿，細胞的生存直線下降禁添。由此結(jié)果可得---DSB與Cas9毒性相關(guān)桨踪。

（2）DSB與Cas9毒性相關(guān)的現(xiàn)象已經(jīng)產(chǎn)生锻离，怎么去找頭呢墓怀？作者就將上述分組的細胞拿去做了個轉(zhuǎn)錄組，發(fā)現(xiàn)虱朵，咦钓账，P21還有FAS的mRNA水平很高嘛（插播P21是p53活性作用的位置之一）。難道是P21 mRNA搞的鬼呢服协？嘩啦啦做了一批除了MAPT之外的基因敲除啦粹，發(fā)現(xiàn)不管是敲什么基因，細胞的P21 mRNA水平都是上調(diào)的耶~

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既然是p53惹的鍋跳纳，那把p53的功能給干擾掉寺庄，看看Cas9的毒性反應(yīng)怎么樣铣揉。猜都不用猜，自然是毒性被抑制咯逛拱。

Cas9-induced toxic response is P53-dependent台猴！

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為啥還有page 4？當然是說p53為啥能引起毒性反應(yīng)咯宪彩，因為它，阻礙DNA的HDR（同源修復）尿孔，而HDR還是CRISPR-Cas9基因編輯成功的關(guān)鍵筹麸。p53--阻礙HDR--CRISPR-Cas9基因編輯失敗--解釋CRISPR-Cas9在人多能細胞中效果不理想的原因。

總結(jié)

因為CRISPR-Cas9在人多能細胞中基因編輯具有一定難度物赶，且Cas9處理過后，細胞往往會死掉告嘲，這個現(xiàn)象引起作者的關(guān)注奖地。

（1）先是自己構(gòu)建效果良好的CRISPR-Cas9系統(tǒng)，將基因編輯效率提升轧坎，得到數(shù)量足夠研究的對象缸血；（2）接著排斥被敲除基因?qū)毎鲋车挠绊懀鞔_DSB是Cas9毒性的罪魁禍首捎泻，接著轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)現(xiàn)挑事的刺頭P21 mRNA笆豁，而P21是與p53相關(guān)的赤赊。（3）進而引發(fā)了對p53的調(diào)查，通過對比有無p53功能的情況下抛计，CRISPR-Cas9的毒性反應(yīng)，得到p53與CRISPR-Cas9毒性相關(guān)的結(jié)果瘦陈。（4）接下來研究p53到底通過什么途徑去誘導毒性反應(yīng)，原來是抑制了HDR同源性修復晨逝，DNA無法修復的細胞則走向死亡，同時因為對抗HDR支鸡，p53的存在也是CRISPR-Cas9效果不如人意的原因苍匆。

這么一路看下來棚菊，不僅文章結(jié)構(gòu)清晰统求，框架完整据块，故事性更強另假，且更容易記住，導師再也不用擔心我文獻看完就忘了呢边篮！

總結(jié)

可是這個故事看起來很簡單哦戈轿，p53基因穩(wěn)定衛(wèi)士的作用人人皆知啊，p53誘導DNA損傷細胞走向凋亡也是肯定的呀思杯，那為啥還可以發(fā)nature medicine？
其實這是focus在CRISPR-Cas9的不良反應(yīng)上誊册，試想如果一個病人有p53缺失案怯，那么對這樣的病人進行CRISPR-Cas9治療是有風險的殴泰，p53的缺失可能會引導細胞走向癌變。那么在p53缺失的病人身上想要再加以CRISPR-Cas9治療悍汛，則需要慎之又慎了，這是一篇具有臨床意義的文章谱俭。
（補充）CRISPR-Cas9的效果由于P53的存在而大打折扣宵蛀，而P53對抗HDR是CRISPR-Cas9造成DSB無法被修復术陶，從而介導了CRISPR-Cas9的細胞毒性。那么就會有以下兩種情況：（1）P53存在時接谨，CRISPR-Cas9效果不好，且有細胞毒性脓豪；（2）P53敲除時扫夜，CRISPR-Cas9效率增加驰徊，但有致癌的風險。以此引發(fā)臨床安全性的思考望侈，提醒在人體上使用CRISPR-Cas9治療需要注意的安全性問題脱衙，從而以一個相對簡單的故事捐韩，發(fā)表在了Nature Medicine上荤胁。

后記

作為一個喜歡分享的小伙伴屎债，也為了證明我不是自吹自擂垢油，將該種文獻閱讀方法告知某一師妹后滩愁，她的回復讓我看到了喜人的效果辫封。

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再附上一則師妹的筆記（已經(jīng)獲得準許）

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