論文

Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregation

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10

作圖數(shù)據(jù)都有粘捎，論文中的圖也很好看雕凹，抽時(shí)間復(fù)現(xiàn)

今天的推文復(fù)現(xiàn)一下論文中的Figure 1e 三角熱圖

ggplot2能夠做這種三角熱圖顷霹，但是怎么讓熱圖的尖朝上，之前還沒(méi)有嘗試過(guò)，基本思路就是可以讓整個(gè)圖進(jìn)行旋轉(zhuǎn)，查了一下怎么讓ggplot2整體旋轉(zhuǎn)，很多都是借助grid包的語(yǔ)法來(lái)實(shí)現(xiàn)趟卸，但是grid的作圖我還不是很理解，找了好長(zhǎng)時(shí)間看有沒(méi)有g(shù)gplot2的擴(kuò)展包可以做氏义，找到了一個(gè)參考鏈接

http://www.reibang.com/p/802bdefa8feb

這里借助cowplot和ggplotify兩個(gè)R包

一個(gè)簡(jiǎn)單的小例子

library(ggplot2)

pp<-ggplot()+
  geom_point(aes(x=1,y=1))+
  coord_cartesian(clip = "off")

pp
cowplot::ggdraw()+
  cowplot::draw_plot(ggplotify::as.ggplot(pp,angle = -45),
            width = 0.5,height = 0.5,
            hjust = -0.2,
            vjust = -0.5)

image.png

然后用推文中的示例數(shù)據(jù)

image.png

其中一個(gè)小圖的部分示例數(shù)據(jù)

讀取數(shù)據(jù)

library(readxl)
#install.packages("rlang")
dat<-read_excel("data/20230327/Figure1d.xlsx")
dat

普通三角熱圖

library(ggplot2)
ggplot(data=dat,aes(x=x,y=y))+
  geom_tile(aes(fill=log2(value)))+
  coord_equal(clip = "off") -> p

p

image.png

添加文本標(biāo)簽

library(tidyverse)
dat %>% pull(x) %>% unique()
p+
  geom_text(data=data.frame(x=1:8,y=0:7,label=dat %>% pull(x) %>% unique()),
            aes(x=x,y=y,label=label),angle=90)+
  theme_void() -> p1
p1

image.png

在指定的地方添加線段

p1+
  geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5),
                            y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)),
            aes(x=x,y=y),
            color="black",size=1)+
  geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5)+4,
                            y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)+4),
            aes(x=x,y=y),
            color="black",size=1) -> p2
p2

image.png

更改配色

p2+
  scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
                       mid = "white",
                       high = scales::muted("blue"),
                       midpoint = 0)+
  theme(legend.position = "none") -> p3
p3

image.png

添加一些額外的注釋

p3+
  annotate(geom = "segment",x=0.4,xend=0.4,y=0.5,yend=4.5,
           size=2,color="red")+
  annotate(geom = "text",x=0.2,y=2.5,label="A",angle=45,size=5)+
  annotate(geom = "segment",x=4.5,xend=8.5,y=8.6,yend=8.6,
           size=2,color="blue")+
  annotate(geom = "text",x=6.5,y=8.8,label="B",angle=45,size=5) -> p4
p4

image.png

最后順時(shí)針旋轉(zhuǎn)45度

library(cowplot)
ggdraw()+
  draw_plot(ggplotify::as.ggplot(p4,angle = -45),
            width = 0.7,height = 0.7,
            hjust = -0.2,
            vjust = -0.1)+
  annotate(geom = "text",x=0.5,y=0.2,label="Chromatin subcompartments") -> p5

p5

image.png

最后再給添加一個(gè)圖例

p2+
  scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
                       mid = "white",
                       high = scales::muted("blue"),
                       midpoint = 0)+
  theme(legend.position = "bottom")+
  guides(fill=guide_colorbar(title.position = "top",
                             title.hjust = 0.5,barwidth = 20)) -> p3.1


p5+
  annotation_custom(grob = ggpubr::get_legend(p3.1),
                    xmin = 0.1,xmax=0.9,
                    ymin=0.1,ymax=0.2)

image.png

一直會(huì)有提示信息

image.png

還可以拼圖

library(patchwork)

p6+p6

image.png

示例數(shù)據(jù)和代碼可以給推文點(diǎn)贊锄列，然后點(diǎn)擊在看，最后留言獲取

歡迎大家關(guān)注我的公眾號(hào)

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

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微信公眾號(hào)好像又有改動(dòng)，如果沒(méi)有將這個(gè)公眾號(hào)設(shè)為星標(biāo)的話筋岛，會(huì)經(jīng)常錯(cuò)過(guò)公眾號(hào)的推文娶视，個(gè)人建議將 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 公眾號(hào)添加星標(biāo)，添加方法是

點(diǎn)開(kāi)公眾號(hào)的頁(yè)面泉蝌，右上角有三個(gè)點(diǎn)

image.png

點(diǎn)擊三個(gè)點(diǎn)歇万，會(huì)跳出界面

image.png

直接點(diǎn)擊 設(shè)為星標(biāo) 就可以了