?如何在差異基因Venn圖中同時(shí)標(biāo)識(shí)上下調(diào)基因數(shù)量信息
韋恩（Venn）圖是常見(jiàn)統(tǒng)計(jì)圖之一蚂四，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）示弓。例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達(dá)的基因。當(dāng)試驗(yàn)涉及到多分組情況時(shí)，常需要展示多組間共享的差異基因數(shù)量碟联，這個(gè)時(shí)候就要使用到Venn圖妓美。例如文獻(xiàn)“Transcriptomic analyses of rice (Oryza sativa) genes and non-coding RNAs under nitrogen starvation using multiple omics technologies”中僵腺，植物組織中響應(yīng)7天氮缺乏（-N_7d）、7天磷酸鹽缺乏（-Pi_7d）和鹽脅迫（d）壶栋、冷脅迫（e）或干旱脅迫（f）的差異表達(dá)lncRNA的Venn圖辰如。
不過(guò)這種Venn圖太過(guò)單調(diào)，雖然展示了差異基因的數(shù)量贵试，卻沒(méi)有區(qū)分基因是上調(diào)的還是下調(diào)的琉兜。另一種思路是，分別把上調(diào)或下調(diào)的基因拿出來(lái)毙玻，然后分別作圖展示上調(diào)基因間的交集或者下調(diào)基因間的交集豌蟋，但缺點(diǎn)是如果分組較多的話會(huì)很占篇幅，并且如果一個(gè)基因在一組中上調(diào)而在另一組中下調(diào)時(shí)則無(wú)法繪制出桑滩。
為了有效解決這些問(wèn)題梧疲，今天我們來(lái)看一種特殊風(fēng)格的Venn圖，能夠同時(shí)展示基因交集以及上下調(diào)數(shù)量的二維信息运准。風(fēng)格如下幌氮，在Venn圖中原數(shù)字位置添加了表示上下調(diào)基因數(shù)量的餅圖。外圈表示不同的分組胁澳，餅圖則表示了交集/或特有區(qū)域中该互，所包含的上調(diào)（紅色）和下調(diào)（綠色）基因數(shù)量。此外韭畸，如果交集處某基因在不同組中的上下調(diào)趨勢(shì)不一致宇智，則在灰色區(qū)域顯示數(shù)量。
本節(jié)我們來(lái)學(xué)習(xí)如何在R語(yǔ)言中繪制這種特殊的Venn圖胰丁。
1 示例文件
示例數(shù)據(jù)“treat1_control.txt”随橘、“treat2_control.txt”和“treat3_control.txt”分別為3種不同試驗(yàn)處理下的樣品，與對(duì)照組相比后識(shí)別的顯著差異表達(dá)基因隘马。表中g(shù)enes列為差異基因的名稱太防，logFC列中將所有上調(diào)基因標(biāo)識(shí)為1，所有下調(diào)基因標(biāo)識(shí)為-1。
接下來(lái)繪制Venn圖展示3組基因的交集概況蜒车，并同時(shí)將基因的上下調(diào)數(shù)量信息也表示出來(lái)讳嘱。
2 R包GOplot的Venn+餅圖樣式
使用R包GOplot，即可通過(guò)給定的數(shù)據(jù)繪制這種特殊的Venn圖酿愧，同時(shí)展示基因交集以及上下調(diào)數(shù)量的二維信息沥潭。
#讀取數(shù)據(jù)，3個(gè)處理組與對(duì)照組相比獲得的差異基因列表
#表中第一列為差異基因的名稱嬉挡，第二列中1代表上調(diào)钝鸽，-1代表下調(diào)
group1 <- read.delim('treat1_control.txt', sep = '\t')
group2 <- read.delim('treat2_control.txt', sep = '\t')
group3 <- read.delim('treat3_control.txt', sep = '\t')
?
#繪制Venn+餅圖
library(GOplot)
?
venn <- GOVenn(group1, group2, group3, #3組基因列表
label = c('treat1 vs control', 'treat2 vs control', 'treat3 vs control'), #3組名稱
circle.col = c('blue', 'green', 'yellow'), #3組圈圖顏色
lfc.col = c('red', 'gray', 'green4'), #上調(diào)基因、下調(diào)基因和趨勢(shì)相反基因的顏色
plot = FALSE) #plot=FALSE時(shí)庞钢，出圖的同時(shí)輸出交集統(tǒng)計(jì)信息
?
venn
這樣這種Venn圖組合餅圖的樣式就得到了拔恰。
右圖Venn圖的外圈表示數(shù)據(jù)中，3組處理組間相同/或特有的差異表達(dá)基因數(shù)量概況基括，具體的數(shù)值在餅圖中展示颜懊，紅色代表共有的上調(diào)基因，綠色代表共有的下調(diào)基因风皿，灰色表示交集中在不同組中的上下調(diào)趨勢(shì)不一致的基因袭艺。
對(duì)于各組交集具體涉及了哪些基因乍丈，它們的名稱狡蝶、上下調(diào)狀態(tài)如何佳吞，將直接在面板中顯示出來(lái)，如左圖所示列表信息魔眨。
總之過(guò)程非常方便媳维，很簡(jiǎn)單的一條命令，您get到了嗎冰沙？
