The BioGRID interaction database: 2019 update
BioGRID(Biological General Repository for Interaction Datasets)生物學(xué)互作數(shù)據(jù)庫(kù)
生物相互作用網(wǎng)絡(luò)凿叠，是由大量單個(gè)蛋白質(zhì)或遺傳相互作用以及RNA跃须，DNA，膜个唧，碳水化合物和小分子代謝物的相互作用聚集形成的，是理解基因-表型關(guān)系和所有細(xì)胞功能的基礎(chǔ)贷岸。生物網(wǎng)絡(luò)已被用于促進(jìn)藥物靶點(diǎn)的選擇滑燃，解釋耐藥性或脫靶效應(yīng)，并為靶向療法和個(gè)性化藥物奠定了基礎(chǔ)桨啃。
BioGRID（BioGRID：https://thebiogrid.org）通用生物學(xué)互作資源數(shù)據(jù)庫(kù)，致力于所有主要模式生物物種和人類(lèi)的蛋白質(zhì)檬输，遺傳和藥物相互作用的管理和存儲(chǔ)
一、BioGRID****數(shù)據(jù)庫(kù)以及現(xiàn)階段存儲(chǔ)數(shù)據(jù)情況
圖示數(shù)據(jù)庫(kù)中各物種的蛋白質(zhì)互作（PI）和基因互作（GI）的數(shù)據(jù)更新情況：
1.BioGRID數(shù)據(jù)逐年增長(zhǎng)：
2.BioGRID相關(guān)項(xiàng)目
最近匈棘，BioGRID與生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)翻譯器支持的小組合作開(kāi)展了兩個(gè)新的主題項(xiàng)目（參閱https://ncats.nih.gov/translator）丧慈。
在一個(gè)項(xiàng)目中，BioGRID整合與FA途徑相關(guān)的相互作用主卫，這有助于介導(dǎo)DDR逃默，并與多種人類(lèi)癌癥有關(guān)。在與FA專(zhuān)家協(xié)商后簇搅，BioGRID匯總了53個(gè)DDR基因的核心清單完域，這些基因與20個(gè)已知的FA核心基因相關(guān)，這些基因最初是由人類(lèi)患者的基因互補(bǔ)組定義的瘩将。使用這些基因列表作為切入點(diǎn)吟税，策劃了來(lái)自2200多種出版物的12960種相互作用。
與生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)翻譯器相關(guān)的第二個(gè)新主題項(xiàng)目著眼于年輕人的成熟期糖尿沧讼帧（MODY）肠仪，這是一種常染色體遺傳性疾病，其特征是胰腺細(xì)胞的遺傳缺陷損害了胰島素的產(chǎn)生（48）备典。目前异旧，有14個(gè)基因與各種MODY亞型遺傳相關(guān)，其中四個(gè)基因（HNF1A提佣，HNF4A吮蛹，HNF1B和GCK）已知占MODY病例的90％以上（49）。迄今為止拌屏，從這14個(gè)切入點(diǎn)開(kāi)始潮针，從149個(gè)出版物中選出了483個(gè)蛋白質(zhì)相互作用的MODY網(wǎng)絡(luò)。
FA和MODY交互作用數(shù)據(jù)集將用作通過(guò)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)翻譯器計(jì)劃開(kāi)發(fā)的預(yù)測(cè)計(jì)算方法的輸入和基準(zhǔn)
3.BioGRID還與模式生物數(shù)據(jù)庫(kù)和元數(shù)據(jù)庫(kù)資源合作槐壳，促進(jìn)BioGRID記錄的廣泛傳播
4.遺傳相互作用數(shù)據(jù)
為了協(xié)調(diào)和統(tǒng)一不同模式生物研究中使用的各種遺傳相互作用術(shù)語(yǔ)然低，BioGRID與WormBase合作開(kāi)發(fā)了新的標(biāo)準(zhǔn)化遺傳相互作用結(jié)構(gòu)術(shù)語(yǔ)或GIST。GIST已設(shè)計(jì)為使用通用遺傳相互作用術(shù)語(yǔ)精確指定遺傳相互作用，并得到其他模式生物的支持雳攘，包括SGD带兜，CGD，PomBase吨灭，ZFIN刚照，F(xiàn)lyBase和TAIR。在不同的模式生物中實(shí)施GIST將有助于解釋遺傳相互作用喧兄，以及整合跨多個(gè)物種的大量遺傳相互作用數(shù)據(jù)无畔。
5.藥物相互作用數(shù)據(jù)
BioGRID已合并了DrugBank中的化學(xué)-蛋白質(zhì)相互作用記錄，現(xiàn)在手動(dòng)管理小分子-基因和-蛋白質(zhì)的相互作用吠冤。檢索匹配了主要藥物相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容浑彰，包括DrugBank，BindingDB拯辙，CTD郭变，PharmGKB，ChEMBL等來(lái)確定每種資源共有的字段涯保。BioGRID已從DrugBank導(dǎo)入了藥物靶點(diǎn)數(shù)據(jù)記錄诉濒，其中包含> 10 560個(gè)實(shí)驗(yàn)且已獲批準(zhǔn)藥物和> 4 490種蛋白質(zhì)，涉及27 785種化學(xué)相互作用夕春，來(lái)自21種生物的5035個(gè)小分子和2527個(gè)蛋白質(zhì)靶標(biāo)未荒，包括人類(lèi)，HIV-1及志，白色念珠菌和大腸桿菌片排。
6.CRISPR/CAS9數(shù)據(jù)
為了整合多個(gè)模型生物的CRISPR篩選數(shù)據(jù)集，建立一個(gè)CRISPR數(shù)據(jù)存儲(chǔ)單元Open Repository for CRISPR Screens (ORCS) within BioGRID(https://orcs.thebiogrid.org)
BioGRID提供CRISPR數(shù)據(jù)包括sgRNA庫(kù)名稱(chēng)困肩，Cas9變體（CRISPRn划纽，CRISPRi，CRISPRa）锌畸，方法勇劣，酶，細(xì)胞系潭枣，細(xì)胞類(lèi)型比默，生物，實(shí)驗(yàn)設(shè)置盆犁，持續(xù)時(shí)間命咐，選擇條件，篩選類(lèi)型谐岁，表型醋奠，通量榛臼，篩選格式 ，得分類(lèi)型窜司，分析方法和顯著性閾值
迄今為止沛善，BioGRID ORCS注釋了來(lái)自36種研究的人和小鼠細(xì)胞系的505套數(shù)據(jù)，總共應(yīng)用了14種不同的統(tǒng)計(jì)方法塞祈。
二金刁、數(shù)據(jù)庫(kù)頁(yè)面和數(shù)據(jù)下載介紹：
1. 主頁(yè)直接檢索
輸入基因或蛋白標(biāo)識(shí)符：
結(jié)果頁(yè)面：
（1）提供該基因涉及的GO生物學(xué)進(jìn)程、功能以及細(xì)胞組分
（2）可直接下載該蛋白的互作數(shù)據(jù)
（3）統(tǒng)計(jì)每種相互作用類(lèi)型的數(shù)目和比例
（4）詳細(xì)的互作情況展示
（5）互作網(wǎng)絡(luò)展示
（6）藥物互作
（7）轉(zhuǎn)錄后修飾位點(diǎn)
2.數(shù)據(jù)下載
（1）當(dāng)前版本：我們的交互數(shù)據(jù)的最新版本议薪。
（2）先前版本：上個(gè)月的交互數(shù)據(jù)集尤蛮。
（3）發(fā)布存檔：不再受支持的淘汰數(shù)據(jù)集。
（4）已發(fā)布數(shù)據(jù)集：與已發(fā)布文章相對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)集斯议。
（5）其他數(shù)據(jù)集：各種用途的隨機(jī)數(shù)據(jù)集产捞。
（6）最新版本：在此目錄中，所有文件均以LATEST而不是版本號(hào)命名哼御，以允許腳本式下載
（7）外部數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建：專(zhuān)門(mén)為其他數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的數(shù)據(jù)集轧葛，以鏈接到BioGRID數(shù)據(jù)。
（8）Cytoscape插件：BioGRID團(tuán)隊(duì)創(chuàng)建的用于Cytoscape軟件的插件和工具
最新版本是BioGRID發(fā)表的3.5.177版本的數(shù)據(jù)艇搀。
最新版本截止2019年5月25日更新。如果您要使用BioGRID的數(shù)據(jù)開(kāi)始一個(gè)新項(xiàng)目求晶，則強(qiáng)烈建議使用最新版本的數(shù)據(jù)文件焰雕，即使用在CURRENT RELEASE目錄的數(shù)據(jù)集
Current Release目錄：
3.工具
相關(guān)資源鏈接：
（1）BioGRID ORCS
（2）PhosphoGRID ：釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中1495個(gè)基因產(chǎn)物上5000多個(gè)特定磷酸化殘基的位置。每個(gè)站點(diǎn)都記錄有實(shí)驗(yàn)證據(jù)代碼的層次結(jié)構(gòu)
（3）Yeast Kinome ：酵母激酶-釀酒酵母激酶和磷酸酶相互作用組（KPI）資源芳杏。（4）Pathway Commons：來(lái)自多種生物的公開(kāi)通路的集合矩屁。
（5）iRefWeb ：將來(lái)自不同數(shù)據(jù)庫(kù)的交互記錄分組到單個(gè)非冗余視圖中。
可視化工具：
（1）Osprey：網(wǎng)絡(luò)可視化系統(tǒng)-Osprey是用于復(fù)雜交互網(wǎng)絡(luò)可視化的軟件平臺(tái)爵赵。Osprey利用BioGRID維護(hù)的基因本體（GO）注釋的交互數(shù)據(jù)構(gòu)建了數(shù)據(jù)豐富的圖形表示吝秕。
（2）Cytoscape：是一個(gè)開(kāi)放源代碼生物信息學(xué)軟件平臺(tái)，用于可視化分子相互作用網(wǎng)絡(luò)并將這些相互作用與基因表達(dá)譜整合在一起空幻。
（3）NDex-NDEx：項(xiàng)目提供了一個(gè)開(kāi)放源代碼框架烁峭，科學(xué)家和組織可以在其中共享，存儲(chǔ)秕铛，操縱和發(fā)布生物網(wǎng)絡(luò)知識(shí)约郁。
（4）Prohits-Viz：一套用于分析和可視化屏幕以及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)工具
（5）GeneMANIA：使用大量功能關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)來(lái)查找與一組輸入基因相關(guān)的基因。
（6）esyN：顯示與主要數(shù)據(jù)庫(kù)集成的在線交互網(wǎng)絡(luò)但两，因此您可以在構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)時(shí)自動(dòng)檢索數(shù)據(jù)鬓梅。
文獻(xiàn)來(lái)源：
Oughtred, R., Stark, C., Breitkreutz, B. J., Rust, J., Boucher, L., Chang, C., et al.(2018). The BioGRID interaction database: 2019 update. Nucleic Acids Res. 47,D529–D541. doi: 10.1093/nar/gky1079
