1. 寫在前面
- 數據集介紹
- 測了 LK 和 LSK 細胞的 scRNA-seq外恕，但是作者定義 LK 的方法比較奇怪掺炭，之后會把“LK”中 sca-1 陽性的細胞去掉
- 由于作者只提供 bam 和表達矩陣姑原，我們想自己做基于 cellranger 結果的質控就必須先 bam 轉 fq，再跑 cellranger count
2. bam-fastq
- 使用 10X 開發(fā)的工具 bamtofastq
- 代碼
ls bam/Lin*bam | while read id;
do
tmp1=${id%_*}
tmp2=${tmp1%_*}
tmp3=${tmp2%_*}
sample=${tmp3##*_}
echo $sample
bamtofastq-1.2.0 --nthreads=24 $id out_${sample}
done
- 另附曾老師的雜技代碼临庇，把上面愚蠢的 4 行代碼變成 1 行
a=a_b_c_d
echo $a
b=`echo $a|cut -d"_" -f 3`
echo $b
- 輸出結果是三個 bam 各生成了 48 個 fastq 文件
3. fastq-matrix
- 10X 標準流程反璃，cellranger count
- 代碼
cellranger count \
--id=lk_cellranger_SIGAH1 \
--transcriptome=/ref/cellranger/refdata-cellranger-mm10-3.0.0 \
--fastqs=/new_lk/step01-bam-fastq-matrix/out_SIGAH1/SIGAH1_MissingLibrary_1_HHW22BBXX \
--sample=bamtofastq \
--nosecondary \
--localcores=18 \
--localmem=30
- 三個標準輸出文件位于總的輸出文件夾下的
outs/filtered_feature_bc_matrix 路徑
- 如果要使用未經 cellranger 過濾的數據則使用
outs/raw_feature_bc_matrix 路徑下的輸出文件
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