一啸箫、軟件安裝
A. conda
1.安裝miniconda
miniconda官網(wǎng)：
#下載
wget?https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安裝
bash?Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
vi .bashrc? 查看PATH
source .bashrc
2.miniconda添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels?defaults
3.conda搜索和安裝
conda search?
conda install
B.?SRA Toolkit
網(wǎng)址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
作用：將下載的SRA格式的測(cè)序結(jié)果轉(zhuǎn)換成fastq格式剧包，便于下一步的測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
安裝 conda install sra-tools
或者
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
# 解壓并將解壓后的文件剪切到biosoft目錄下
tar -zxvf? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz && mv? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
# vim編輯器直接編輯~/.bashrc文件檀蹋，將該軟件加入環(huán)境變量中踢匣，可以全局運(yùn)行
vim ~/.bashrc
# 在文件最后增加如下內(nèi)容
PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
# 更新
$ source ~/.bashrc
# 嘗試運(yùn)行軟件，出現(xiàn)幫助信息贮聂，就說(shuō)明成功安裝
$ fastq-dump -h
C.?Fastqc
作用：可視化測(cè)序結(jié)果質(zhì)量的軟件（在安裝之前需要檢測(cè)一下Java環(huán)境）
1.檢查JAVA環(huán)境
# 看是否安裝了Java
java -version
# 若不存在屏歹，則進(jìn)行安裝，但是Java的版本要適合
sudo apt-get install openjdk-8-jdk? 或者conda install jdk
2.安裝fastqc
conda install fastqc
D.?HISAT2
作用：將RNA-Seq的結(jié)果比對(duì)到基因組
conda install hisat2
E.?HTSeq
作用：用來(lái)計(jì)數(shù)多種mapping軟件輸出文件reads
conda install htseq
F.?SAMtools
作用：生成存放高通量測(cè)序比對(duì)結(jié)果及其他轉(zhuǎn)換格式扳炬，融合文件
conda install samtools
G. R
作用：統(tǒng)計(jì)分析
conda install r
H. Rstudio
conda install rstudio
