前面小編給大家詳細(xì)介紹過(guò)
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖椎眯，氣泡圖
也用視頻給大家介紹過(guò)
最近有粉絲反映說(shuō)备恤，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了锦秒。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說(shuō)美觀了露泊，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)小編的認(rèn)真研究旅择，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)惭笑。前面小編給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2生真。
我們知道R的版本在不停的更新沉噩，相應(yīng)的R包也在不停的更新。小編把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下柱蟀，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在川蒙。
dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè)label_format參數(shù)
我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的长已，看看參數(shù)說(shuō)明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30畜眨，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示术瓮。既然問(wèn)題找到了康聂，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100胞四，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示早抠。
dotplot(ego, split="ONTOLOGY",showCategory = 10,label_format=100) + facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free")
是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道
同樣的柱形圖撬讽，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌蕊连。
barplot(ego, split="ONTOLOGY",showCategory = 10,label_format=100) + facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free")
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文
