更新:使用方式:個(gè)人直接使用一下命令進(jìn)行下載? ? #還有個(gè)改進(jìn)方式是 制定文件下載的位置闪唆,否則默認(rèn)在~/ncbi? 文件夾里面
prefetch --ascp-path "/home/HWP/.aspera/connect/bin/ascp|/home/HWP/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List2.txt
注意: 另一個(gè)ascp的密鑰文件(有時(shí)putty可能不能使用,這時(shí)可選用asperaweb_id_dsa.openssh)
有時(shí)候上面的會(huì)失敗甚侣,有大佬說用下面這個(gè)沒問題伦籍,還沒使用過:
ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR590/SRR5907429/SRR5907429.sra ./ 國內(nèi)家庭電信寬帶 沒問題
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http://www.reibang.com/p/9915fce02b10
如果按SRR下載文件的話,可見ftp構(gòu)成:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR+登陸號(hào)前三位數(shù)字(550)+/SRR+完整登陸號(hào)(554360)
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http://www.reibang.com/p/fdbd4c13fa29
這個(gè)寫的也可以
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通過aspera高速下載 SRA,EBI等數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)
見網(wǎng)頁這個(gè)作者的博客?http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/171?, 親測可用,按照要求安裝即可煮剧,prefect自動(dòng)調(diào)用 aspera來下載數(shù)據(jù),非常方便讼载。