Juicer:Hi-C數(shù)據(jù)處理分析（二）

寫在前面

上一章我們得到了 .hic文件，從上圖我們清楚的看出可以利用 juicer tools 對(duì).hic 文件進(jìn)行feature annotation 和 analysis 或者 data extration瑰妄。也可以利用 juicebox 進(jìn)行可視化码邻∩嘞猓可視化文件主要使用的是 .hic 文件和各種 feature annotation 文件块饺，例如 Contact domains 和 Loops 等谨究。

.hic 文件的 pre 生成方法

https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre#file-format
pre 命令允許我們從自己的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成 .hic 文件莹汤，暫時(shí)沒有需求先不寫。

juicebox 可視化

下載軟件

https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download

英文官方教程

https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki
還有油管視頻

可視化結(jié)果


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