前言
來(lái)到這里鲁猩，已經(jīng)漸漸不是人話了...
估計(jì)這輩子我也沒(méi)有想到，我把我最厭惡的東西寫(xiě)出來(lái)疹启，
居然是最多人看的......
分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼户盯，大神請(qǐng)點(diǎn)贊后直接略過(guò)～
plink --bfile mydata --hap-window 3 --hap-assoc
1.背景
我一般不交代“科學(xué)”背景，但是還得“裝”一下饲化。
什么是“Haplotype”莽鸭？
就是你有一堆SNPs，"近朱者赤吃靠，近墨者黑"硫眨，就是要“在一起”遺傳的。
所以Haplotype分析就是要找到這一堆SNPs巢块。
和GWAS分析中常提到的“連鎖”有什么關(guān)系礁阁？
“連鎖”是虛的Ｇ珊拧（概率相關(guān)的概念）
單體型是實(shí)的！ （物理存在的附近）姥闭。
人話：
“連鎖”法找女朋友全靠算命丹鸿，星座風(fēng)水；
“單倍型”法找女朋友棚品，直接就是你鄰座卜高、鄰居，青梅足馬啊～南片。
2.今天的主角：?jiǎn)伪缎头治觯℉aplotype testing）
道理很簡(jiǎn)單，我們都知道單純靠一個(gè)SNP決定遺傳是不靠譜的～?
（別問(wèn)我為什么知道庭敦，問(wèn)就是100個(gè)位點(diǎn)疼进，你做101個(gè)都未必有陽(yáng)性實(shí)驗(yàn)結(jié)果，在其他人中也驗(yàn)證不出來(lái)）
本質(zhì)上秧廉，就像看警匪片伞广，要揪，就把整個(gè)犯罪團(tuán)伙揪出來(lái)疼电！
（非人話地說(shuō)：?jiǎn)伪缎头治鲈诙ㄎ患膊『托誀钣嘘P(guān)的基因方面具有更好的功效）
3.今天的吐槽大會(huì)：
plink --bfile mydata --hap-window 3 --hap-assoc
前面的：plink --bfile mydata 這里看過(guò)之前的都沒(méi)有問(wèn)題了嚼锄，除非你沒(méi)有看～
后面的這個(gè)?--hap-assoc 也就是單倍型關(guān)聯(lián)分析嘛～
至于中間的這個(gè)“ --hap-window 3” 是什么鬼？
官網(wǎng)寫(xiě)的是這樣的：
to form all 3-SNP haplotypes across the entire dataset (respecting chromosome boundaries, however). In this case the windows will be automatically named?WIN1,?WIN2, etc.?
然后又是這樣的：
This command can take a comma-delimited list of values, e.g.
? ? ?--hap-window 1,2,3
to perform all single SNP tests (1-SNP haplotypes) as well as sliding windows of all 2-SNP and 3-SNP haplotypes.
每個(gè)單詞都懂蔽豺，但是就是看不懂啊～～～～～
放心区丑，這鍋不該英語(yǔ)老師來(lái)背～
要讀懂這里，首先要了解一下：“sliding window”
因?yàn)闆_動(dòng)的后果就是這樣：
ERROR: Problem with specification of haplotype sliding window
sliding：滑行的修陡；window：窗 （簡(jiǎn)單沧侥、總體、多數(shù)情況來(lái)說(shuō)魄鸦，就是你規(guī)定的基因范圍）
sliding window相當(dāng)于就是：
?我設(shè)定SNP個(gè)數(shù)一個(gè)一個(gè)玩宴杀！～～～
即：1就是一個(gè)一個(gè)玩，2就是兩個(gè)兩個(gè)玩拾因，3就是三個(gè)三個(gè)玩Ｍ铡！＞罴恰扁达！
吐槽：
知道為什么程序員寫(xiě)的“說(shuō)明”都“看不懂”了吧！以來(lái)就三個(gè)庭惜！～～～那么猛罩驻！
具體如下：（注意，不是隨機(jī)組合抽取护赊，是按固定個(gè)數(shù)一直往下走惠遏，“slide”～砾跃，直到走不下去）
6個(gè)SNPs,一個(gè)一個(gè)玩(可以玩6次，6個(gè)windows）：
6個(gè)SNPs,三個(gè)三個(gè)玩(可以玩4次抽高，4個(gè)windows）：
6個(gè)SNPs,五個(gè)五個(gè)玩(只能玩2次透绩，2個(gè)windows）：
例子夠了吧？還不點(diǎn)贊帚豪？
其實(shí)碳竟，吐槽完了，plink還是挺“銀杏”的～
只要你在 --hap-window 中用逗號(hào)這樣分開(kāi)“1,2,3”（?--hap-window 1,2,3）狸臣，就會(huì)給出1莹桅，2，3各種情況時(shí)的結(jié)果烛亦，如下：
所以铐达，
plink --bfile mydata --hap-window 3 --hap-assoc，
你學(xué)廢了嗎檬果？
后記：
目前文獻(xiàn)瓮孙，把基本關(guān)聯(lián)做完了以后，就常規(guī)做一個(gè)LD檢驗(yàn)选脊，之后就繼續(xù)做單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析衷畦，然而這個(gè)后續(xù)的單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析，并不以前面的LD所分辨出來(lái)的BLOCK為基礎(chǔ)知牌，而是他做了多少個(gè)SNP祈争，就用多少個(gè)SNP一起做單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析。
實(shí)現(xiàn)這里的“用多少個(gè)SNP一起做單體型與疾病關(guān)聯(lián)分析”角寸，就是在這一小節(jié)之前使用extract提取你要的SNP文件（具體參考：）菩混，如6個(gè)SNPs（注意這個(gè)snps.txt，就是一個(gè)一列扁藕，沒(méi)有列名的沮峡，想要提取snp名字的txt文件！不要想復(fù)雜了?）：
plink --noweb --bfile data --extract snps.txt --recode --make-bed --out 6snps
然后這個(gè)6snp文件就是你的mydata文件亿柑。
不寫(xiě)了邢疙，反正你們也不會(huì)點(diǎn)贊的～
參考文獻(xiàn)：
1.提升SNP和單倍體認(rèn)識(shí)逼格：http://doc.aporc.org/attach/Course001/Bioinformatics-3.pdf
2.大神討論：https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/20879971
