教程http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html
docker pull ensemblorg/ensembl-vep?
docker run -ti ensemblorg/ensembl-vep ./vep （試驗是否下載可運行）
mkdir /home/vep_data
chmod a+rwx /home/vep_data? ??
docker run -tiv /home/vep_data:/opt/vep/ .vep ensemblorg/ensembl-vep perl INSTALL.pl (按提示下載cache等，啰里啰嗦键科，放棄闻丑！)
借此機會，開個新終端勋颖，查看下image的結(jié)構(gòu)
docker ps (查看下container_id)·? ??
docker exec -it container_id bash （進(jìn)入image內(nèi)部嗦嗡，看下examples下內(nèi)容吧）
docker stop container_id（關(guān)閉）
docker run -t -i -v /home/vep_data:/opt/vep/ .vep ensemblorg/ensembl-vep perl INSTALL.pl -a cfp -s homo_sapiens -y GRCh37 -g all (自動下載所有東西，但是實在太慢了胺沽帷＝募馈！茄厘！放棄)
（a?(or?--AUTO) with the parameters?c?(cache),?f?(fasta) and?p?(plugins) . If you wish to include the?VEP plugins, add the 'p' value to the?-a?flag and the?--PLUGINS?(or?-g) flag as well:）
本地文件夾結(jié)構(gòu)：與容器共享數(shù)據(jù)路徑下矮冬，創(chuàng)建input，output次哈，Plugins文件夾(名稱胎署、路徑只是建議，隨便啦)
1）下載caches,?ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/variation/VEP/homo_sapiens_vep_96_GRCh38.fa.gz
在/home/vep_data下解壓窑滞，獲得homo_sapiens文件夾/home/vep_data/homo_sapiens/96_GRCh38
2）下載fasta數(shù)據(jù)
在/home/vep_data/fasta下解壓
3）去github下載plugin插件琼牧，https://github.com/Ensembl/VEP_plugins，例如G2P.pm,
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html#g2p參看下載G2P.csv?https://www.ebi.ac.uk/gene2phenotype/downloads?
將G2P.pm和2個G2P.csv放入/home/vep_data/Plugins中哀卫，
試一下
docker run -u root -t -i -v /home/vep_data:/opt/vep/.vep ensemblorg/ensembl-vep \
./vep --cache --offline --format vcf --force_overwrite \--dir_cache /opt/vep/.vep/ \
--hgvs --fasta /opt/vep/.vep/fasta/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa \
--input_file /opt/vep/.vep/input/input.vcf \
--output_file /opt/vep/.vep/output/output.vcf \
--dir_plugins /opt/vep/.vep/Plugins \
--plugin G2P,file=/opt/vep/.vep/Plugins/CancerG2P.csv,html_report=/opt/vep/.vep/output/report.html,txt_report=/opt/vep/.vep/output/report.txt
--assembly GRCh38
(--vcf, Writes output in?VCF format.?)
report.txt長這樣：
report.html樣子長這樣：
