Linux環(huán)境下的軟件安裝
了解conda撼泛，相當(dāng)于Linux系統(tǒng)中的應(yīng)用商店臼闻，下載其精簡(jiǎn)版miniconda撑刺，安裝及配置，在miniconda中下載安裝其他軟件
下載miniconda
百度搜索“miniconda 清華”筛欢，進(jìn)入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D潮太，根據(jù)服務(wù)器的版本（命令 uname -a），選擇下載最新版本miniconda，右鍵-復(fù)制下載鏈接
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在主目錄中新建biosoft目錄讳推，
mkdir biosoft; 在biosoft目錄下下載，輸入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh躯泰；下載后開始運(yùn)行miniconda栈戳，bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh,安裝過程一路enter和yes
image.png
image.png 激活miniconda
逐個(gè)輸入命令：在biosoft目錄下，輸入source ~/.bashrc, 命令行輸入conda
cd biosoft
source ~/.bashrc
conda
- 添加鏡像
逐個(gè)輸入以下命令：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用miniconda安裝軟件
查看conda下的軟件列表哄酝，conda list;
image.png
搜索conda下的軟件（以質(zhì)量控制軟件fastqc為例）友存，conda search fastqc
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安裝fastqc軟件，默認(rèn)安裝最新版本陶衅，conda install fastqc; 若輸入conda install fastqc -y屡立，則不需一步步點(diǎn)yes；若想安裝指定版本搀军，conda install fastqc=版本名
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image.png - 卸載fastqc
輸入conda remove fastqc或conda remove fastqc -y
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image.png - 了解“conda環(huán)境”
引用生信星球課程
生信實(shí)戰(zhàn)中膨俐，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝罩句、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目焚刺。
每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的的止，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本檩坚，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了匾委，辦法就是分身Ｍ闲稹！按照你的項(xiàng)目赂乐，定制不同的分身薯鳍，安裝不同的軟件，互不干擾挨措。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”挖滤。
查看conda環(huán)境，conda info --envs
引用生信星球課程
比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了浅役，好斩松，先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3觉既，安裝軟件fastqc惧盹、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）(這里指定python版本是因?yàn)橛械能浖腔趐ython開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么瞪讼。)
輸入以下命令钧椰，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看conda環(huán)境，
conda info --envs
發(fā)現(xiàn)默認(rèn)環(huán)境還是base符欠，那么需要激活rna-seq嫡霞，
conda activate rna-seq;若要退出當(dāng)前環(huán)境，conda deactivate
