通過該網(wǎng)站獲取免疫相關(guān)基因：https://www.immport.org/
Resources-Gene lists-Gene Summary下載該表，并轉(zhuǎn)化為excel由捎，只復(fù)制基因名稱粘貼到新建txt文件中。
新建txt.png
輸入文件
![(TM6]JO5PCDB1IH0PW{0T)J.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25702203-10434dd33fc4d2f9.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
symbol.txt為ID轉(zhuǎn)化后TCGA基因表達(dá)文件
![0A9CNLF}SHY()0N]6N694{X.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25702203-830ca2818a8cae93.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
library(limma) #引用包
expFile="symbol.txt" #表達(dá)輸入文件
geneFile="gene.txt" #基因列表文件
setwd("D:\\biowolf\\irlncRNA\\08.irGene") #設(shè)置工作目錄
#讀取輸入文件艇挨，并對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理
rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
#如果有的基因有多行测摔，將該基因取均值陶衅，保留一行
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
#如果有基因在所有樣品里表達(dá)量都為零，將刪除該基因
data=data[rowMeans(data)>0,]
#獲取免疫基因表達(dá)量
gene=read.table(geneFile, header=F, check.names=F, sep="\t")
sameGene=intersect(as.vector(gene[,1]), rownames(data))
geneExp=data[sameGene,]
#輸出結(jié)果
out=rbind(ID=colnames(geneExp),geneExp)
write.table(out,file="immGeneExp.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)
免疫基因相關(guān)表達(dá)量.png
