如果你有一條序列或者多條序列褐奥，想知道有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能結(jié)合在上面？前兩天老板推薦我使用MEME-CHIP網(wǎng)站預(yù)測（我們實驗室經(jīng)常使用的）譬挚，當(dāng)然還有很多網(wǎng)站可以預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合奸绷。
MEME-CHIP的網(wǎng)站地址：http://meme-suite.org/tools/meme-chip
網(wǎng)站打開長這樣：
這里你需要上傳你的fasta文件：
然后選擇你的DNA的物種以及想要查詢的庫（老板說一般不用選擇物種，只選查詢的庫借浊，這個隨便了）眶掌，我們實驗室一般使用的庫是“JASPAR vertebrates and Uniprobe mouse”,最后點擊頁面下方的“Start Search”：
然后會彈出來新的頁面，顯示你提交的job的一些細(xì)節(jié)：
過一小會兒巴碗，會自動刷新頁面朴爬，顯示你的job正在running，你可以在左邊的那欄里面“Recent job”里看到你最近提交過的jobs橡淆，這里一共可以同時提交3個job召噩，但是第3個job會在運(yùn)行完第一個job后再運(yùn)行:
這個job要運(yùn)行一會兒，十幾分鐘到幾小時不等逸爵，完全取決于你上傳的序列的多少具滴。
等運(yùn)行結(jié)束后，頂端會顯示你的job已經(jīng)complete了师倔，所有的結(jié)果被打包在Results里的第二項里“Gzipped Tar of all output”：
下載解壓后构韵，有很多個文件：
在這一堆文件里，最方便查看的是網(wǎng)頁版的總結(jié)：
打開后，是這樣的：
你可以點擊紅色框里的峰圖疲恢，里面有一些詳細(xì)的信息：
關(guān)于上面這些結(jié)果都是什么凶朗，這里有一篇很不錯的文章：如何查看MEME-ChIP分析結(jié)果？显拳，這里就不贅述了棚愤。
