本周主要按計(jì)劃完成了R入門工具書R for beginners的學(xué)習(xí),本書寫的很簡略拙寡,全書不到一百頁锉试,沒有給自己太高的要求府框,分為四天完成了基本閱讀和相關(guān)代碼的練習(xí)顶瞒。
1.閱讀計(jì)劃
2.讀書筆記
全書分7小章節(jié)對(duì)R進(jìn)行了一個(gè)較為全面的講解,對(duì)初學(xué)者是一個(gè)比較好的工具書,我用4天進(jìn)行了較為細(xì)致的閱讀,并做了16頁讀書筆記昧辽。前兩章簡單介紹了R的一些背景知識(shí),第3章是R的數(shù)據(jù)操作登颓,這一章對(duì)數(shù)據(jù)的讀寫搅荞、存儲(chǔ)及生成,數(shù)據(jù)的簡單運(yùn)算進(jìn)行了詳細(xì)的介紹框咙,有大量的代碼 需要練習(xí)咕痛,一時(shí)半會(huì)可能記不住,希望熟能生巧喇嘱。第4章繪圖也是我很感興趣的一個(gè)章節(jié)茉贡,從管理繪圖到繪圖函數(shù),從低級(jí)繪圖命令到繪圖參數(shù)控制婉称,本章節(jié)大致講了一些低級(jí)繪圖及常用繪圖函數(shù)的使用方法块仆,對(duì)高級(jí)繪圖簡單提及并未進(jìn)一步展開。第5章統(tǒng)計(jì)分析王暗,是一個(gè)較為晦澀難懂的章節(jié),感覺這一章對(duì)初學(xué)者來說不是個(gè)太好的入門書庄敛,作者似乎從一個(gè)較為高點(diǎn)的角度泛泛而談了一下統(tǒng)計(jì)分析俗壹,讀下來感覺收獲較少,還是云里霧里藻烤。第6章編程實(shí)戰(zhàn)以舉例的方式帶我們認(rèn)識(shí)R的循環(huán)和判斷绷雏,如何用R寫程序?qū)栴}簡單化头滔,以及如何編寫自己的函數(shù)。最后一個(gè)章節(jié)是相關(guān)文獻(xiàn)及學(xué)習(xí)資料的推薦涎显,感覺單靠這一本書入門太單薄坤检,在后續(xù)學(xué)習(xí)中希望可以把153分鐘學(xué)R(一本以FAQ方式帶我們快速了解R的小冊(cè)子)以及R導(dǎo)論看一看,爭取對(duì)R有更深入的了解期吓。
3.總結(jié)展望
按計(jì)劃早歇,下一步要進(jìn)行Python的入門了,其實(shí)很擔(dān)心一個(gè)剛了解的語言會(huì)對(duì)接觸另外一個(gè)語言有干擾讨勤,但由于時(shí)間關(guān)系箭跳,必須讓自己快點(diǎn)對(duì)陌生的東西有些新認(rèn)識(shí)。所以一定的學(xué)習(xí)節(jié)奏還是要掌握的潭千。本周導(dǎo)師給推薦了一些學(xué)習(xí)資料谱姓,尤其是六月份KCL自己組織的兩場生信課程,希望自己可以順利報(bào)名學(xué)習(xí)刨晴。當(dāng)然屉来,這也給自己的自學(xué)提出了更高的要求,自己必須加緊時(shí)間入門才可能有機(jī)會(huì)聽得懂課程狈癞,為自己加油茄靠。
本周還學(xué)習(xí)了用R做基因功能富集分析的一些包,但多數(shù)方法都是建立在有參基因組之上的亿驾,需要已有的gene id等信息嘹黔,這對(duì)自己的數(shù)據(jù)處理并不是太有幫助,所以還要進(jìn)一步熟練R尋求自己可以做的方法及途徑莫瞬。