公眾號“生信小課堂”
TCGA數(shù)據(jù)分析課程：生物信息學教學
前段時間我們更新過一篇推文熱圖系列1耗式，隸屬R語言學習系列棍郎，今天我們繼續(xù)熱圖系列2
導入數(shù)據(jù)
library(pheatmap)TEST=read.csv("TEST.csv",sep =',',header = T,row.names=1)
繪制默認熱圖
pheatmap(TEST)
歸一化
我們的示例數(shù)據(jù)基因差異很明顯杂靶，而且沒有離群值衣洁，當有一個極大值的時候郊丛，就不會有這樣的效果虫给，比如
TEST1=TESTTEST1[1,20]<-1000pheatmap(TEST1)
這樣完全看不出差異了，所以這個時候需要對數(shù)據(jù)進行標準化
#scale ="row"參數(shù)對行進行歸一化#clustering_method參數(shù)設定不同聚類方法辫封，默認為"complete",可以設定為#'ward','ward.D','ward.D2','single','complete','average','mcquitty','median'or'centroid'
pheatmap(TEST1,scale = "row")#按照行進行均一化
這樣就可以看清基因表達之間的差異了
聚類
pheatmap(TEST1,scale ="row",clustering_distance_rows ="correlation")
#表示行聚類使用皮爾森相關系數(shù)聚類硝枉，默認為歐氏距離"euclidean"
#可以對行，列聚類倦微，cluster_row行 ,cluster_col列
pheatmap(TEST,scale ="row",cluster_row=T,cluster_col=T)
設定cell 的大小
pheatmap(TEST, cellwidth = 10, cellheight = 5, fontsize = 10)#寬10妻味，長5，字體大小10
設定 text
#display_numbers = TRUE參數(shù)設定在每個熱圖格子中顯示相應的數(shù)值欣福，#number_color參數(shù)設置數(shù)值字體的顏色,#fontsize_number設置數(shù)字的大小pheatmap(TEST,?display_numbers?=TRUE,number_color?="black",fontsize_number=6)
#設定展示條件
pheatmap(TEST, display_numbers = matrix(ifelse(TEST > 6,"*",""), nrow(test)))#圖8#展示大于6的為*
設置 legend
#legend_breaks參數(shù)設定圖例顯示范圍责球，legend_labels參數(shù)添加圖例標簽
pheatmap(TEST, legend_breaks = -3:3)
#也可以去掉legend
pheatmap(TEST, legend= F)
設定 color
#自定義顏色 colorRampPalette
pheatmap(TEST, color = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100))
每一種顏色在R里面都有代碼，如下圖拓劝，我們可以不斷的嘗試直到畫出自己滿意的
顏色代碼網(wǎng)址：https://www.114la.com/other/rgb.htm
設置邊框
#?border_color參數(shù)設定每個熱圖格子的邊框色# border=TRIUE/FALSE參數(shù)是否要邊框線
pheatmap(TEST, border=FALSE)#不要邊框
設置注釋
#生成列的注釋
colnames(TEST)
annotation_col= data.frame(Type=factor(c(rep('cancer',10),rep('normal',10))))
rownames(annotation_col) =colnames(TEST)
#畫圖
pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col)
設定gap
pheatmap(TEST,scale ="row", annotation_col = annotation_col,gaps_row =25,cluster_rows =FALSE)
pheatmap(TEST,scale ="row", annotation_col = annotation_col,gaps_col =10,cluster_cols =FALSE)
pheatmap(TEST,scale ="row", annotation_col = annotation_col,gaps_col =10,cluster_cols =FALSE,gaps_row =25,cluster_rows =FALSE)
展示行或者列的label
labels_row = c("gene1","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","","gene50")
pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col, labels_row = labels_row,cluster_rows = FALSE)
自己又只做了一個數(shù)據(jù)雏逾，得到下面的圖
library(pheatmap)TEST=read.csv("中國加油.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)
pheatmap(TEST,cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_colnames=F,show_rownames=F,legend = F)
下面是pheatmap包常見的函數(shù)
color表示顏色，賦值漸變顏色調(diào)色板colorRampPalette屬性
kmeans_k繪制熱圖的行聚類數(shù)郑临，如果是NA栖博，那么行不會聚類
scale表示值均一化的方向，或者按照行或列厢洞，或者沒有仇让，值可以是"row",? “column” 或者"none"
cluster_rows表示進行行的聚類，值可以是FALSE或TRUE
cluster_cols表示進行列的聚類躺翻，值可以是FALSE或TRUE
clustering_method表示聚類方法丧叽，值可以是hclust的任何一種，如"ward.D",“single”,? “complete”, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”
border_color表示熱圖上單元格邊框的顏色公你，如果不繪制邊框踊淳，則使用NA
cellwidth表示每個單元格的寬度，若選擇NA則表示適應窗口
cellheight表示每個單元格的高度陕靠，若選擇NA則表示適應窗口
cutree_rows基于層次聚類（使用cutree）劃分行的簇數(shù)（如果未聚集行嚣崭，則忽略參數(shù)）
cutree_cols基于層次聚類（使用cutree）劃分列的簇數(shù)（如果未聚集行，則忽略參數(shù)）
treeheight_row行的樹的高度,
treeheight_col列的樹的高度
legendTRUE或者FALSE懦傍，表示是否顯示圖例
legend_breaks設置圖例的斷點
legend_labelslegend_breaks對應的標簽例
annotation_row行的分組信息????
annotation_col列的分組信息
annotation_colors用于手動指定annotation_row和annotation_col? track顏色的列表????
annotation_legend
是否顯示圖例的名稱
annotation_names_row
是否顯示行注釋的名稱????
annotation_names_col是否顯示列注釋的名稱
show_rownames是否顯示行名
show_colnames是否顯示列名
main圖的名字
fontsize圖的字體大小????
fontsize_row行名的字體大小雹舀，默認與圖的字體大小相同
fontsize_col列名的字體大小，默認與圖的字體大小相同
angle_col列標簽的角度粗俱，可選擇 (0, 45, 90, 270 and 315)
display_numbers表示是否將數(shù)值顯示在熱圖的格子中????
number_format設置顯示數(shù)值的格式说榆，較常用的有"%.2f"（保留小數(shù)點后兩位），"%.1e"（科學計數(shù)法顯示寸认，保留小數(shù)點后一位）
number_color設置顯示內(nèi)容的顏色
fontsize_number設置顯示內(nèi)容的字體大小
labels_row代替行名的自定義標簽
labels_col代替列名的自定義標簽
na_col缺失值的顏色
好了签财，R語言熱圖系列第二篇就到這啦，需要測試文件的偏塞，在后臺回復“熱圖”兩個字即可拿到測試數(shù)據(jù)唱蒸。
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