0512 Rain
最近準(zhǔn)備出一個(gè)高通量數(shù)據(jù)分析管道指南合集。理論上小伙伴們只需要復(fù)制黏貼代碼就可以操作扔亥。有一部分需要根據(jù)指南修改路徑代碼和文件名代碼场躯。新手小伙伴經(jīng)常會(huì)提問(wèn)類似代碼怎么執(zhí)行的問(wèn)題。
建議提前創(chuàng)建.sh格式的Shell文件旅挤。在編輯器里復(fù)制黏貼代碼到這個(gè)文件以后保存就行踢关。編輯器的話什么都行，Visual Studio Code, Atom....
舉個(gè)例子粘茄，我在工作文件夾里創(chuàng)建了一個(gè)test.sh的文件签舞。
然后復(fù)制黏貼全基因組分析GATK4管道教程詳解(有完整代碼)里的第一步準(zhǔn)備文件夾的代碼。
接下來(lái)在右下的terminal里用sh執(zhí)行就好柒瓣。會(huì)發(fā)現(xiàn)命令已經(jīng)成功執(zhí)行儒搭，左邊導(dǎo)航欄多了好幾個(gè)文件夾。
or 如果在服務(wù)器端操作的話芙贫，可以在系統(tǒng)的terminal里執(zhí)行搂鲫。
效果是一樣的。
所以流程比較多的話磺平，可以根據(jù)每一步創(chuàng)建一個(gè)sh文件魂仍。一步一步執(zhí)行就可以了。
需要執(zhí)行的任務(wù)比較多的話拣挪，也可以同時(shí)打開(kāi)多個(gè)termianl窗口蓄诽，進(jìn)行多線程。
當(dāng)然入門(mén)以后可以用更高級(jí)的方法創(chuàng)建整個(gè)自動(dòng)化流程媒吗。
