關(guān)鍵詞：葉綠體基因組埂息、質(zhì)體基因組、NCBI遥巴、blast
1. 利用注釋信息可視化截取+blast比對
建議使用Geneious軟件千康，可視化截取目標區(qū)域。最后將截取的區(qū)域再次Blast比對裁去兩端多余序列铲掐。?
缺點：需要手動拾弃，適合于樣品量不多的數(shù)據(jù)處理
GenBank格式是NCBI中Genbank數(shù)據(jù)庫儲存的主要格式。gb格式它較為全面地記錄了簡要的序列描述摆霉、學名豪椿、物種來源分類、參考文獻和具有生物學意義的特征信息携栋，如編碼區(qū)搭盾、蛋白翻譯、轉(zhuǎn)錄單元婉支、重復區(qū)域鸯隅、變異和修飾位點等。
參考——https://blog.csdn.net/onelittlemouse/article/details/108879313
2. 直接blast
若是樣本數(shù)目多向挖，基因組數(shù)據(jù)一般長度較長蝌以，數(shù)據(jù)龐大blast過程非常耗時炕舵。
缺點：只適合單個或者少數(shù)樣品的blast截取。
3.利用軟件先自動提取基因組中指定注釋信息的序列
參考： 葉綠體組裝工具GetOrganelle網(wǎng)站——How to assemble custom loci?
?FAQ · Kinggerm/GetOrganelle Wiki · GitHub
相關(guān)軟件比較少跟畅，多見于部分人寫的程序咽筋，需要對編程語言熟悉。限于進階型用戶使用碍彭。
優(yōu)點在于可以批量化提取基因晤硕，效率高。
