今天給大家介紹一個植物啟動子分析瀏覽數(shù)據(jù)庫：PlantPAN3.0葡幸，該數(shù)據(jù)庫不僅可以對植物啟動子中關(guān)鍵順式和反式調(diào)控元件進(jìn)行預(yù)測氓仲，而且還可重建轉(zhuǎn)錄因子 -靶點之間網(wǎng)絡(luò)調(diào)控關(guān)系坦仍，是植物研究不可或缺的數(shù)據(jù)庫資源鳍烁。
PlantPAN簡介
在PlantPAN 3.0中，收錄了78種植物中的17230個TFs繁扎，并從 662 個公開的 ChIP－seq 數(shù)據(jù)中捕獲了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的基因組位置信息幔荒。從 99 個調(diào)節(jié)因子（轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白和其它DNA結(jié)合蛋白）中鑒定了 1,233,999 個調(diào)節(jié)鏈接梳玫，其靶基因覆蓋七個物種爹梁。此外，還添加了從ChIP-seq峰中提取的2449個矩陣提澎，用于預(yù)測順式調(diào)控元素姚垃。除了完整的ChIP-seq數(shù)據(jù)外，還進(jìn)行以下四點改進(jìn)：
1盼忌、1107個文獻(xiàn)中實驗驗證的轉(zhuǎn)錄因子模塊积糯；
2、兩個物種間基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的的對比谦纱；
3看成、轉(zhuǎn)錄因子及轉(zhuǎn)錄因子-DNA復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)；
4跨嘉、擴(kuò)大到四個物種的轉(zhuǎn)錄因子的條件特異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)及它們的靶基因川慌。
PlantPAN 3.0不僅可以有效地用于研究植物啟動子中關(guān)鍵的順式和反式調(diào)控元件，而且可以在特定條件下重建轉(zhuǎn)錄因子和靶標(biāo)之間的高可信度關(guān)系祠乃。
啟動子分析
1.PlantPAN3.0 的首頁梦重，包含六個模塊，分別是基因搜索亮瓷、轉(zhuǎn)錄因子/轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點搜索琴拧、基因集分析、啟動子分析寺庄、跨物種和 ChIP-seq 搜索艾蓝。
2.點擊Promoter analysis，進(jìn)入的頁面為單個基因啟動子序列的分析頁面斗塘，還可選擇多個基因的啟動子序列分析以及在PCBase中分析赢织。
1. 輸入單個基因的啟動子序列。
2. 有兩個選擇：（1）選擇在PlantPAN中使用所有物種的啟動子序列或者是自己勾選部分物種啟動子序列馍盟；（2）填寫自己感興趣的motif序列于置。
3. 選擇啟動子其他元件，最后點擊search即可贞岭。
多個基因的啟動子序列分析
1. 選擇輸入或上傳要分析的FASTA文件八毯。對于輸入文件的大小以及上傳文件的大小都有限制搓侄，分別為20kb和600kb。等待分析結(jié)果的時間與文件大小有關(guān)话速，文件越大讶踪，時間越長，最長等待時間為1小時泊交。
2. 選項同單個基因啟動子分析
3. 輸入郵箱乳讥，分析完成后會結(jié)果直接發(fā)送到郵箱里
啟動子序列分析結(jié)果頁面
1. 文件會用顯示的符號及高亮標(biāo)注Tandem Repeat 和 CPGisland（顯示如下），可點擊Download 下載分析結(jié)果
2. 分析結(jié)果詳細(xì)如下：分為匹配搜索結(jié)果廓俭，CPG島云石，串聯(lián)重復(fù)，以及可視化選項研乒。在匹配搜索結(jié)果中汹忠，可點擊顯示的轉(zhuǎn)錄因子矩陣文件ID，就會在上面文本中顯示出來雹熬，ID 后有標(biāo)注 CPG島則說明這個位點與它重合了宽菜，點擊ID，會出現(xiàn)更詳細(xì)的信息橄唬。
4. Pattern Search Result 的內(nèi)容會比較長赋焕，繼續(xù)下拉會看到以下內(nèi)容。點擊最下方可視化下面的圖片仰楚，進(jìn)行可視化展示
點擊圖片后如下，勾選感興趣的選項犬庇，下拉到底部僧界，點擊提交。
會進(jìn)入如下界面：會用不同符號顯示勾選的轉(zhuǎn)錄因子位點臭挽，點擊Download可下載圖片捂襟。
目前只有在輸入文本可下載可視化圖片，對于多個基因的啟動子序列分析的上傳文件無法在網(wǎng)站上可視化欢峰，可以得到結(jié)果文件后在GSDS網(wǎng)站或使用TBtool進(jìn)行可視化葬荷。
PlantPAN3.0網(wǎng)址: http://PlantPAN.itps.ncku.edu.tw/
更多技能學(xué)習(xí)鏈接：
http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息課程：
1. 文章越來越難發(fā)？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路纽帖，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡單快速宠漩，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入懊直？圖表看不懂扒吁？點擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀室囊；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA雕崩，提升你的文章檔次魁索，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘盼铁、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀粗蔚、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課饶火，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用支鸡、perl入門到精通、perl語言高級趁窃、R語言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程牧挣，不用做實驗也能發(fā)文章，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析醒陆、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘瀑构、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析刨摩、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析寺晌、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接：二代測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳澡刹、二代測序數(shù)據(jù)解讀呻征。
