概念及類型：
轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下门岔，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA雅倒；狹義上指所有mRNA的集合。
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析可以分為有參轉(zhuǎn)錄組分析和無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析哩俭。有參無(wú)參的意思是桦踊，有/無(wú)參考基因組。
1力奋、有參轉(zhuǎn)錄組分析流程：
2榜旦、無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析流程：
clean reads ：為確保Reads有足夠高的質(zhì)量，將下機(jī)原始測(cè)序數(shù)據(jù)（raw reads）去掉含有帶接頭的景殷、低質(zhì)量的reads溅呢，得到clean reads，保證后續(xù)分析的準(zhǔn)確性猿挚。
unigene：針對(duì)無(wú)參考基因組的物種咐旧，將小片段拼接出unigene，構(gòu)建參考序列绩蜻，以便后續(xù)分析铣墨，是研究無(wú)參物種分子機(jī)制與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的有效手段。
三種轉(zhuǎn)錄組分析模式
基于研究物種是否有參考基因組办绝，實(shí)驗(yàn)?zāi)康纳鲜欠裥枰治鲂碌霓D(zhuǎn)錄本伊约，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分析模式大致可以分成3種類型，如下圖：
一孕蝉、有參屡律，需要分析新轉(zhuǎn)錄本
部分有參考基因組的物種，由于注釋信息不夠完善昔驱，或需要分析一些非編碼RNA疹尾，這時(shí)需要基于Reads與基因組比對(duì)信息對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行組裝，以期獲得新的轉(zhuǎn)錄本來(lái)讓分析結(jié)果更加完備骤肛。
這也是有參物種做轉(zhuǎn)錄組最常用的分析模式纳本，其分析步驟如下：
Reads與基因組比對(duì)
基于比對(duì)信息組裝轉(zhuǎn)錄本
基因或轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量
差異分析和功能富集分析
二、有參腋颠，只分析已知轉(zhuǎn)錄本
針對(duì)參考基因組注釋信息較為詳細(xì)的物種繁成，比如人，小鼠淑玫，擬南芥等模式生物巾腕，同時(shí)您的實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮苊鞔_面睛，就是分析已知的基因或轉(zhuǎn)錄本，那就可以直接基于基因組注釋信息中提取出的轉(zhuǎn)錄本序列來(lái)進(jìn)行后續(xù)分析尊搬。該分析模式分析流程簡(jiǎn)單叁鉴、速度快，其具體分析步驟如下：
Reads與轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行比對(duì)
轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量
差異分析和功能富集分析
三佛寿、無(wú)參考基因組的轉(zhuǎn)錄組
而對(duì)于沒(méi)有參考基因組的物種幌墓，或者基因組組裝不好的物種，必須先使用測(cè)序數(shù)據(jù)組裝一套轉(zhuǎn)錄本冀泻，再基于轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行后續(xù)分析常侣。其分析步驟如下：
Reads De novo組裝轉(zhuǎn)錄本序列
Reads 回比組裝好的轉(zhuǎn)錄本序列
轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量
差異表達(dá)分析和功能分析
other：
怎么做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析？
如下圖1所示弹渔，在做轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)胳施，除了需要reads等原始數(shù)據(jù)外，還需要一系列的注釋文件肢专。然而舞肆，當(dāng)我們的研究物種沒(méi)有參考基因組但需要做轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)，便不能通過(guò)以上流程獲得我們需要的分析結(jié)果鸟召。
此時(shí)胆绊，我們可以通過(guò)拼接reads數(shù)據(jù)獲得轉(zhuǎn)錄本，該轉(zhuǎn)錄本用于后續(xù)reads比對(duì)欧募。再將該拼接好的轉(zhuǎn)錄本與各大蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)注釋压状，其中常用的數(shù)據(jù)庫(kù)有NR、NT跟继、Swiss-Prot种冬、KEGG、COG舔糖、GO等娱两。獲得該注釋結(jié)果后，我們便對(duì)該物種的蛋白信息有一個(gè)比較清楚的了解金吗，可以進(jìn)行后續(xù)的轉(zhuǎn)錄組分析流程十兢。
最常使用的組裝軟件為T(mén)rinity，運(yùn)行該軟件時(shí)摇庙，主要分三部分運(yùn)行旱物，依次為Inchworm、Chrysalis和Butterfly（下圖2）卫袒。
運(yùn)行Inchworm時(shí)宵呛，其目的是將每條短讀長(zhǎng)的reads打斷成固定長(zhǎng)度的Kmer（默認(rèn)為25 bp）形成一個(gè)Kmer庫(kù)，再將所有Kmer按其出現(xiàn)的次數(shù)進(jìn)行排序夕凝，選擇出現(xiàn)次數(shù)最高的Kmer進(jìn)行3端延伸一個(gè)堿基（A宝穗、T户秤、G、C）逮矛，延伸后統(tǒng)計(jì)靠近3端25bp的Kmer在庫(kù)中出現(xiàn)的次數(shù)鸡号，選擇次數(shù)最高的那條路徑（如有多條路徑出現(xiàn)的次數(shù)一樣，則幾條路徑保留）橱鹏，繼續(xù)向3端延伸至不能延伸為止膜蠢。同理進(jìn)行5端延伸，最終形成一定長(zhǎng)度的Contigs莉兰。
每形成一個(gè)Contigs時(shí)，將形成該Contigs的kmer從Kmer庫(kù)中去除掉礁竞，繼續(xù)選擇次數(shù)最高的Kmer進(jìn)行延伸糖荒。最終用完Kmer庫(kù)中的Kmer，將Contigs放在一起形成一個(gè)contigs庫(kù)模捂。運(yùn)行Chrysalis時(shí)捶朵，對(duì)Contigs庫(kù)中的Contigs按照一定條件進(jìn)行聚類，之后對(duì)每類Contigs構(gòu)建de bruijin graphs狂男。
最后運(yùn)行Butterfly综看，解析上一步構(gòu)建的de bruijin graphs，形成轉(zhuǎn)錄本岖食。將所有轉(zhuǎn)錄本輸出到一個(gè)文件红碑，便是最Trinity終組裝的文件，其格式如圖3所示泡垃。
獲得拼接后的轉(zhuǎn)錄本后析珊，便可以按照Trinity官網(wǎng)中的說(shuō)明，進(jìn)行注釋和下游分析蔑穴，其流程如圖4所示忠寻。
