Linux軟件管理工具conda
conda 相當(dāng)于Linux的應(yīng)用商城
特點(diǎn)：方便快捷
日常生信分析使用miniconda即可滿足
下載及安裝miniconda
- 下載
1.1 進(jìn)入 清華的conda鏡像網(wǎng)站
1.2 查看自己服務(wù)器版本信息：uname -a
1.3 復(fù)制最新版本下載鏈接：版本：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;
鏈接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.4 進(jìn)入biosoft目錄：cd biosoft
1.5 下載miniconda：wget 鏈接
- 安裝
2.1 使用上述步驟下載的腳本安裝miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(出現(xiàn)版本信息按回車跳過，程序指令讓你enter就enter潮梯，讓你yes就yes)
安裝過程
程序指令
2.2 激活：
source ~/.bashrc
激活
2.3 添加鏡像（解決國(guó)內(nèi)下載速度慢問題）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
miniconda 的使用
1.安裝軟件
1.1 查看已安裝的軟件列表：
conda list
軟件列表
1.2 搜索conda軟件（以fastqc為例）：
conda search fastqc
fastqc軟件信息
1.3 安裝fastqc軟件：
conda install fastqc -y（若需指定版本：conda install fastqc=0.11.7 -y）
安裝fastqc過程
1.4 卸載軟件：
conda remove fastqc -y
2.conda環(huán)境
在不同的項(xiàng)目處理過程中，可能存在對(duì)同一軟件的不同版本需求，在conda中針對(duì)不同項(xiàng)目創(chuàng)建不同的環(huán)境婚惫，可以針對(duì)性地安裝不同版本軟件投放，從而實(shí)現(xiàn)互不干擾颅崩。
2.1 查看當(dāng)前conda環(huán)境：
conda info --envs
當(dāng)前conda環(huán)境
2.2 創(chuàng)建名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3话侧，安裝軟件fastqc、trimmomatic：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
創(chuàng)建過程
conda環(huán)境中增加了rna-seq
2.3 激活新的環(huán)境：
conda activate rna-seq
激活環(huán)境（*出現(xiàn)在rna-seq行表明激活）
2.4 退出當(dāng)前環(huán)境 ：
conda deactivate
退出當(dāng)前環(huán)境
