"在linux環(huán)境下的軟件安裝"
1、miniconda的介紹
2辜妓、安裝miniconda
cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
出錯(cuò)時(shí)郊丛，則用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3与柑、激活
source ~/.bashrc
輸入conda
4、添加鏡像
復(fù)制以下代碼后纯露，按enter鍵
使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
5沈堡、使用conda
- 查看軟件列表
conda list - 安裝xxx軟件
conda install xxx -y - 確認(rèn)xxx軟件是否安裝成功
輸入輸入xxx --help ,若出現(xiàn)一堆文字等坡锡，即提示文檔猴蹂，則表示成功了 - 卸載軟件
conda remove xxx -y
6院溺、分身conda環(huán)境
- 查看目前已有什么環(huán)境
conda info --envs
前面帶*的就是默認(rèn)的 - 建立新環(huán)境
建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3磅轻，安裝軟件fastqc珍逸、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）(這里指定python版本是因?yàn)橛械能浖腔趐ython開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么聋溜。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 檢查是否創(chuàng)建成功
conda info --envs - 激活新的conda環(huán)境
conda activate rna-seq
此時(shí)隨便輸入軟件名谆膳，如fastqc，即可出現(xiàn)幫助文檔勤婚，表示可以了
-退出當(dāng)前新環(huán)境
conda deactivate
