R包不裝也能用
因為功能比較高級的R包都會依賴很多包垄潮，依賴包又會依賴其他包，所以裝包是個麻煩的事。
之前那個包怕磨，不管從GitHub裝還是本地裝，裝的時候老是出現(xiàn)各種亂七八糟的錯誤消约。
但是我又不是需要你R包里的全部函數(shù)肠鲫，有些我不用的函數(shù)還要因為它裝很多其他的包或者導(dǎo)致安裝失敗就很氣。
反正R包里有源碼或粮，不如直接運行源碼吧导饲！
下載zip，然后解壓。
函數(shù)都編寫在revolver-master的R文件夾內(nèi)的各個文件中渣锦。
新建一個環(huán)境硝岗，來存儲函數(shù)。
base_dir = "../revolver-master/R"
files = list.files(base_dir)
revolver = new.env()
for (file in files) {
source(paste(base_dir,file,sep='/'),local=revolver) #在revolver環(huán)境中運行這些代碼
}
之后就可以通過revolver$引用這些函數(shù)了袋毙，和安裝包后的revolver::不同型檀。
安裝好的包可以library導(dǎo)入，暴露出函數(shù)娄猫。那這個呢贱除？
可以用attach、detach媳溺。
attach(revolver)
CCF()
detach(revolver)
雖然這些函數(shù)已經(jīng)存儲了月幌，但是由于我們不是正常安裝的包，所以函數(shù)在使用到其他未安裝包的時候就會有運行錯誤悬蔽。
那我就想檢查一下我source的每個文件都導(dǎo)入或使用了哪些依賴包扯躺。
用一個文件做測試。首先讀取文件蝎困，然后寫正則提取包名录语。
file = 'revolver_cohort.R'
text = readLines(paste(base_dir,file,sep='/'))
result1 = stringr::str_match_all(text,'^library\\((\\w+?)\\)')
result2 = stringr::str_match_all(text,'[^\\w](\\w+?):::?')
stringr包中的str_match_all可以提取單個字符的所有結(jié)果，對每個字符返回一個矩陣禾乘，其中()中的分組信息存儲在矩陣第二列及之后澎埠，多個結(jié)果為多行。注意始藕，此處的text為字符向量蒲稳，每個元素為文件中的一行。
下面為正則講解伍派，可能較為晦澀江耀。
result1提取的是類似library(some_package)中的包名。其中^表示從頭匹配诉植，因為library通常出現(xiàn)在一行的開頭祥国。\\(和\\)對函數(shù)兩邊的括號進(jìn)行匹配，此處的第一個\對第二個\轉(zhuǎn)義晾腔，第二個\對有特殊含義的(進(jìn)行轉(zhuǎn)義尝蠕。內(nèi)部的()表示所關(guān)注的分組吞鸭。()內(nèi)部為\\w*蝶缀？,其中\w匹配字母或數(shù)字裳凸，第一個\用于轉(zhuǎn)義，+表示匹配1個或多個缤至，?為非貪婪模式潮罪。
result2提取的是類似some_package::some_function中的包名康谆。其中[^\\w]表示包名前的單個字符不能是字母或數(shù)字,[]為一組字符，內(nèi)部的^表示取反嫉到。之后的(\\w+?)為所關(guān)注的分組沃暗，和上面類似，匹配多個字母和數(shù)字何恶。最后的:::?中孽锥，?的出現(xiàn)是為了匹配0個或1個:，這種寫法是為了兼容可能出現(xiàn)的some_package:::some_function细层，三個冒號在R中被用于調(diào)用包內(nèi)部的函數(shù)惜辑。
str_match_all返回列表，列表元素對應(yīng)對text中每個字符元素處理的返回值疫赎，為矩陣盛撑。
result = c(result1,result2)
result = unlist(lapply(result,function(x){if(dim(x)[1]==0)return(NULL)else{return(x[,2])}}))
隨后連接result1和result2。使用lapply捧搞，對每個列表元素進(jìn)行操作胎撇，當(dāng)dim(x)[1]==0即矩陣沒有值時返回NULL介粘，NULL之后在unlist結(jié)果中被忽略晚树，如果有元素就返回矩陣的第2列姻采。使用unlist進(jìn)行展平操作。
在實踐中爵憎，我們發(fā)現(xiàn)有這種情況席函。
if (!is.na(D))
cat(sprintf(' :: %s', D))
在第二行中督弓，result2能夠匹配到空字符''营曼。因此蒂阱，result中要刪除這種意外結(jié)果并去重。
packages = setdiff(unique(result),'')
試一下吧。
out:
"revolver" "pio" "clisymbols" "reshape2"
結(jié)果不錯录煤。
下一步就是寫個循環(huán)鳄厌，生成一個列表，將文件名作為元素的名稱妈踊。
base_dir = "../revolver-master/R"
files = list.files(base_dir)
all_packages = NULL
for (file in files) {
text = readLines(paste(base_dir,file,sep='/'))
result1 = stringr::str_match_all(text,'^library\\((\\w+?)\\)')
result2 = stringr::str_match_all(text,'[^\\w](\\w+?):::?')
result = c(result1,result2)
result = unlist(lapply(result,function(x){if(dim(x)[1]==0)return(NULL)else{return(x[,2])}}))
packages = setdiff(unique(result),'')
if(length(packages)==0)next
packages = list(packages)
names(packages) = file # 直接用list(file = packages)的話了嚎，name就是file本身了。
all_packages = append(all_packages,packages) # 使用append連接list
}
all_packages
out:
$color_palettes.R
[1] "RColorBrewer"
$compute_clone_trees.R
[1] "easypar" "ctree" "pio"
$compute_mutation_trees.R
[1] "easypar" "mtree" "pio"
$DET_index.R
[1] "vegan"
$input_custom_trees.R
[1] "easypar" "ctree" "pio"
$plot_CCF_histogram.R
[1] "reshape2"
······
其實也可以將得到的這些packages批量安裝一下廊营，看哪些可以順利安裝歪泳，哪些不能。
all_packages = unique(unlist(all_packages))
results = sapply(all_packages, function(x){
if(x %in% row.names(installed.packages()))
require(x,character.only = T) #使用character.only = T獲取x內(nèi)含字符露筒，而不是require(x)
else{
try({install.packages(x);require(x,character.only = T)})
}
})
對包名進(jìn)行遍歷呐伞，已安裝的包require一下，看能否正常導(dǎo)入邀窃。未安裝的包先安裝后導(dǎo)入荸哟，使用try函數(shù)，這樣當(dāng)安裝包錯誤時循環(huán)不會終止瞬捕。
最后的結(jié)果為鞍历，正常的情況下返回TRUE，錯誤的情況返回FALSE肪虎。因此可以提取出所有錯誤安裝的包劣砍。
names(results)[!results]
Bingo！
