寫(xiě)在前面
- RNA-seq整個(gè)流程跑一次，不用理解里面調(diào)用包里面的每個(gè)命令（這個(gè)時(shí)候也理解不了）
- 通過(guò)安裝包來(lái)理解RNA-seq需要調(diào)用命令
軟件安裝三種方法
- 官網(wǎng)下載安裝
- github 下載安裝
- 本地上傳
1. 官網(wǎng)下載安裝
思路：下載-解壓-調(diào)用-加入環(huán)境變量
安裝包的流程(以sra-tools為例)
#準(zhǔn)備：先新建一個(gè)biosoft的文件夾欢唾，將所有的軟件放在一起且警，進(jìn)入文件夾
mkdir biosoft
cd biosoft
#在biosoft里新建文件夾放不同的軟件
mkdir sra-tools
cd sra-tools
- 包名稱(chēng)搜索，到官網(wǎng)得到下載網(wǎng)址
wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
#檢查下載壓縮文件
ls -lh
- 解壓
tar -zxvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
#檢查解壓文件,進(jìn)入,查看
ls -lh
cd sratoolkit.2.9.2-ubuntu64
- 查看軟件安裝幫助文檔,留意不同系統(tǒng)的調(diào)用方式
less -S README.md
#調(diào)用
./fastq-dump --help
#查看調(diào)用路徑
pwd
- 先返回到家目錄,看到.bashrc 礁遣，添加到環(huán)境變量斑芜，保存退出
cd ~
ls -a
vim .bashrc
export PATH="/home/vip11/biosoft/subread/subread-1.6.3-source/bin:$PATH"
:wq
2. github 下載安裝
以bedtools2為例
github
#下載
git clone https://github.com/arq5x/bedtools2.git
#安裝和編譯
cd bedtools2/
make
#調(diào)用
bedtools --help
#查看路徑
pwd
/home/vip11/biosoft/bedtools/bedtools2/bin
#添加到環(huán)境變量
cd ~
vim .bashrc
export PATH="/home/vip11/biosoft/bedtools/bedtools2/bin:$PATH
#保存退出
:wq
#環(huán)境變量中激活
source .bashrc