https://www.zhihu.com/question/23566982
生物信息學(xué)是為生物學(xué)研究者提供分析工具的學(xué)科鲁猩，滲透到生物學(xué)的幾乎每一個(gè)研究領(lǐng)域粱玲。而你要做的是編寫軟件淹真，而不是學(xué)用別人的軟件。
十年前的生物信息
- 做一個(gè) CLUSTALW 序列比對吭从，
- 用 PHYLIP 算一個(gè)進(jìn)化樹纤子，
- 上 NCBI 做一個(gè) BLAST，
最常用的東西：
- 1睡蟋，你需要會用 Linux踏幻，會使用 bash
- 2，高于入門級的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識戳杀，以及一門統(tǒng)計(jì)語言该面，比如 R
- 3，至少一門編程語言信卡，一般來講 C++, Perl, Python, Java 這幾種中的一種隔缀。
- 4，對于你工作的領(lǐng)域傍菇，需要懂這方面的生物學(xué)知識猾瘸，也需要知道目前人們在這個(gè)領(lǐng)域里都用什么其他軟件。
以上四點(diǎn)必不可少丢习。
其他的知識則取決于你是什么領(lǐng)域牵触。
- 比如如果你要研發(fā)高性能的序列比對軟件，則算法和并行計(jì)算的知識必不可少咐低±克迹——本人自己算法很渣，所以沒有把算啊列在以上必備的知識里见擦。
- 如果要頻繁存取大量數(shù)據(jù)绰更，則懂得一種數(shù)據(jù)庫必不可少瞧挤，比如MySQL。
遺傳學(xué)領(lǐng)域里儡湾，目前大部分的生物信息學(xué)研究集中在二代測序（High-throughput sequencing）數(shù)據(jù)的分析工具上特恬。另外做二代基因測序的序列比對（Alignment），現(xiàn)在軟件多如牛毛徐钠，但最常用的基本還是 bowtie, bwa 等少數(shù)幾種癌刽。
這種數(shù)據(jù)和大規(guī)模運(yùn)算一般只能在大型服務(wù)器上運(yùn)行，毫無疑問的需要會 Linux 和 bash尝丐，以及一些分布式計(jì)算的基礎(chǔ)知識显拜。
做生物信息的人主要是研究方法學(xué)，需要把自己的方法寫成軟件發(fā)表爹袁。用生物信息學(xué)工具的人則只是用別人的工具而已远荠，發(fā)表的文章也就并不是生物信息學(xué)的文章，而是你自己領(lǐng)域里的文章失息，比如群體遺傳學(xué)譬淳。到現(xiàn)在生物的絕大多數(shù)領(lǐng)域都需要用其他人寫的軟件處理大量數(shù)據(jù)，如果把所有這樣的文章都算在生物信息里面盹兢，那 80% 的生物學(xué)文章得都是生物信息學(xué)文章了邻梆。
作者：周杰
鏈接：https://www.zhihu.com/question/23566982/answer/25192621
來源：知乎
著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)绎秒，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處浦妄。
學(xué)習(xí)使用新軟件時(shí)，先粗略地把Manual见芹、Readme剂娄、軟件涉及的文章（包括附件里的內(nèi)容，往往會提供可用的細(xì)節(jié)）都過一遍玄呛，然后使用樣例數(shù)據(jù)跑跑看宜咒。遇到問題不要慌張，善用搜索工具進(jìn)行檢索（英文）把鉴，你能遇到的大部分別人都遇到過故黑，看看別人的求助貼和討論內(nèi)容一般都能解決問題。搜索解決不了問題還可以考慮給作者寫郵件庭砍，注意清晰描述遇到的情況（描述問題本身就是理清思路的過程）场晶，寫郵件或者發(fā)帖問問題盡量具體、明確一點(diǎn)怠缸，同時(shí)注意提問的條理和內(nèi)容的可讀性诗轻。
作者：王理中
鏈接：https://www.zhihu.com/question/23566982/answer/25220599
來源：知乎
著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)揭北，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處扳炬。
必學(xué)：1吏颖、計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)（linux+perl+R 或者 python+matlab） 2、生信基礎(chǔ)知識（測序+數(shù)據(jù)庫+數(shù)據(jù)格式） 3恨樟、生信研究領(lǐng)域（全基因組半醉，全轉(zhuǎn)錄組，全外顯子組劝术，捕獲目標(biāo)區(qū)域測序） 4缩多、生信應(yīng)用領(lǐng)域（腫瘤篩查，產(chǎn)前診斷养晋，流行病學(xué)衬吆，個(gè)性化醫(yī)療）分而治之：一、計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)绳泉，需要看三本書逊抡，一步步的學(xué)會學(xué)通，不需要刻意去找哪個(gè)書零酪，一般linux是鳥哥私房菜冒嫡，perl是小駱駝咯，R是R in action蛾娶，但是看一本書只能入門灯谣，真正想成為菜鳥潜秋，必須每個(gè)要看五本書以上蛔琅！我云盤里面有這基本上的高清打印版，大家可以去淘寶打印一下才幾十塊錢還包郵峻呛，對書比較講究的也可以買正版罗售，也不過是一百多塊錢而已！二钩述、生信基礎(chǔ)知識寨躁，測序方面，在百度文庫找十幾篇一代二代三代測序儀資料仔細(xì)研讀牙勘，然后去優(yōu)酷下載各大主流測序儀的動畫講解职恳，再看看陳巍學(xué)基因的講解；數(shù)據(jù)庫先看看三大主流數(shù)據(jù)庫——NCBI,ENSEMBL,UCSC方面，還有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG放钦，OMIN，TIGR恭金，GO）同樣也是百度文庫自己搜索資料操禀，但是這次需要自己去官網(wǎng)一個(gè)個(gè)頁面點(diǎn)擊看，一個(gè)個(gè)翻譯成中文理解吃透横腿；數(shù)據(jù)格式講起了就多了颓屑，這個(gè)主要是在項(xiàng)目流程中慢慢學(xué)斤寂，或者你有機(jī)會去上課，不然你看來也是立馬忘記的揪惦，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等三遍搞、生信研究領(lǐng)域，各個(gè)領(lǐng)域主要是軟件繁多丹擎，合起來常用的估計(jì)有上百個(gè)軟件了尾抑，一般只有從業(yè)五六年以上的人才有可能把它們?nèi)坑眠^一遍，而且這也完全需要項(xiàng)目來訓(xùn)練蒂培，而不能僅僅是看看軟件手冊再愈，但是研究領(lǐng)域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的綜述护戳。a) 生信基礎(chǔ)軟件(blast++套件翎冲，fastqc，flash媳荒，blast抗悍，solexaQA，NGS-QC-toolkit钳枕，SRA-toolkit缴渊，fastx-toolkit)b) snp-calling相關(guān)軟件（bwa，bowtie鱼炒，samtools衔沼，GATK，VarScan.jar昔瞧，annovar）c) 基因組相關(guān)軟件（velvet指蚁，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler自晰，orthMCL凝化，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT酬荞，quickparanoid搓劫，blast2go，RAxML混巧，phyML）d) 轉(zhuǎn)錄組相關(guān)軟件（trinity枪向，tophat，cufflinks牲剃，RseQC遣疯，RNAseq，GOseq，MISO缠犀，RSEM数苫，khmer，screed辨液，trimmomatic虐急，transDecoder，vast-tools滔迈，picard-tools止吁，htseq，cuffdiff燎悍，edgeR敬惦，DEseq，funnet谈山，davidgo俄删，wego，kobas奏路，KEGG畴椰，Amigo，go）四鸽粉、生信應(yīng)用領(lǐng)域斜脂，講這一塊其實(shí)已經(jīng)脫離了生信菜鳥的解釋范圍了，主要是想說社會上為什么需要搞生信的人才触机，全是因?yàn)樵谀[瘤篩查帚戳，產(chǎn)前診斷，流行病學(xué)威兜，個(gè)性化醫(yī)療等領(lǐng)域有所應(yīng)用销斟，可以造福人類Ｂ贰＝范妗！這方面政策不確定约谈，產(chǎn)業(yè)不定型笔宿，所以也這絕對是藍(lán)海湾揽，但是也絕對不會有現(xiàn)成的資料直接培訓(xùn)人才蛉迹，我們必須關(guān)注各種微信公眾號速蕊，逛各種測序掠手，醫(yī)學(xué)相關(guān)論壇鸭廷，緊跟業(yè)界精英的腳本烫堤，同時(shí)追著大牛的文獻(xiàn)閱讀指煎，如此這般才能保住菜鳥的身份仗阅！
作者：曾健明
鏈接：https://www.zhihu.com/question/23566982/answer/41832167
來源：知乎
著作權(quán)歸作者所有靡菇。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)重归，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處米愿。
