之前的數(shù)據(jù)處理都是轉(zhuǎn)化之后得到的.xy 格式文件悴灵。他是一種類似于txt 格式的文件攻走，可以直接在matlab里讀取宠能。然后我們再根據(jù)需求用統(tǒng)計的方法進行處理和分析。
目前我們用Bruker機器得到的文件格式是.d,宾抓。為了方便以后的分析，我們想把所有的原始文件統(tǒng)一轉(zhuǎn)換成mzxml格式 豫喧。
至于為什么要轉(zhuǎn)換成這個格式石洗，以及這個描述性語言的介紹已經(jīng)在這篇文章上講的很清楚了https://zhuanlan.zhihu.com/p/40783833。
所以在這里主要是介紹兩個方面問題
原始文件是如何轉(zhuǎn)換成mzxml格式
如果用的是bruker機器來做質(zhì)譜紧显，可以用bruker提供的名為 Compass Data Analysis 這款軟件來做質(zhì)譜的分析, 這款軟件可以輸出不同格式的文件例如ascii mzxml mzData 等等讲衫。所以，可以直接用菜單中的export功能導出鸟妙。另一個軟件也是bruker的焦人，叫compassXport挥吵。
compass data analysis有用戶界面非常便于操作和分析， compassXport 則是需要在terminal中執(zhí)行任務花椭。 另外 還有一個比較通用的軟件叫msconvert忽匈。兩種使用方式，一種是下載他的installer安裝軟件矿辽，安裝后得到用戶界面丹允。另一種是下載壓縮文件并解壓最后在terminal里操作。-
mzxml文件的讀取
matlab 的bininformatics工具箱提供了可以讀取以及處理質(zhì)譜文件的方法袋倔，其中就包括了mzxml文件的讀取雕蔽。 一個簡單的函mzxmlread 便可以將文件讀到matlab，并且非常漂亮的結(jié)構(gòu)可以輕易尋找到有用的信息 宾娜。
mzxml_read.JPG
