Lecture 1 - Basics of Mass Spectrometry 1
Lecture 2 - Basics of Mass Spectrometry 2
Lecture 3 - Quantification in Proteomics
定量方法，特別強(qiáng)調(diào)了IBAQ搁胆。
Lecture 4 - Lab-Based Video - Proteomics Day 1
- 將兩個(gè)樣本跑SDS-PAGE根據(jù)分子量分離弥搞，之后考馬斯亮藍(lán)染色邮绿。
- 染色后的膠切成24個(gè)餾分。每個(gè)餾分裝了一個(gè)EP管中攀例。
- ammonium bicarbonate將膠條上的考馬斯亮藍(lán)洗掉船逮，之后吸掉上清液
- acetyl nitrate硝酸乙酰酯將剩下的膠進(jìn)行shrink
- DTT進(jìn)行還原烷基化
- 膠內(nèi)酶解成肽段，過(guò)夜
Lecture 5 - Lab-Based Video - Proteomics Day 2
- 用提取液提取肽段混合物
- 將肽段用40%的乙腈洗脫粤铭，放在C18的柱子上挖胃。而脂類和蛋白需要用60%及以上的乙腈洗脫。這時(shí)肽段會(huì)吸附在C18的柱子上梆惯。
- 之后將C18柱子用70%的乙腈再次洗脫酱鸭。
- 肽段凍干
- 肽段過(guò)UPLC進(jìn)行分離，之后被離子化垛吗，送質(zhì)譜分析凹髓。在分析前要先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)蛋白的校準(zhǔn)。
- 用ACN不同梯度的將肽段洗脫怯屉，送質(zhì)譜分析蔚舀，有保留時(shí)間。
- Thermo Excalibur軟件看圖像锨络，top20或10赌躺。得到了Raw 文件
Lecture 6 - Lab-Based Video - Analysis
- Maxquant分析
- 選擇無(wú)標(biāo)定量的iBAQ分析作為定量指標(biāo)。
