寫在前面
最近我主要在忙兩個(gè)事情：
- 了結(jié)學(xué)校里相關(guān)的一些事情，也整理下手上的資料和文件
- 看看是否有合適的工作
寫了一段關(guān)于找工作的感悟殖属，不過還是刪了颁糟，哈哈榛瓮。多數(shù)無益铺董，回到主題。
整理資料時(shí)禀晓，突然想起精续，前前后后我鼓搗了十來個(gè) TBtools 插件，似乎有必要整了一個(gè)插件列表粹懒。
一號(hào)插件 - Pubmed Summary
Pubmed Summary 的優(yōu)勢(shì)在于“輔助文獻(xiàn)速度”重付。基于用戶輸入的關(guān)鍵詞凫乖，爬取對(duì)應(yīng)Pubmed檢索結(jié)果确垫，并附加影響因子，以及摘要等信息帽芽。用戶可以快速閱讀題目和摘要删掀，了解文章詳細(xì)，在大規(guī)模閱讀后导街，篩選出合適的文章披泪，再行精讀。具體可見推文鏈接
https://mp.weixin.qq.com/s/KTB0qSM-lGxZeCRBPWBYzQ
二號(hào)插件 Batch SMART
SMART 應(yīng)是最為全面可靠的序列結(jié)構(gòu)域分析網(wǎng)站搬瑰。對(duì)于單個(gè)序列款票，可以快速完成分析。但對(duì)于多個(gè)序列泽论，該數(shù)據(jù)庫(kù)只支持?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)中已收錄的序列信息艾少。在絕大多數(shù)情況下，用戶需要編寫爬蟲腳本佩厚，逐個(gè)提交，預(yù)測(cè)并獲得結(jié)果说订。
Batch SMART 解決這個(gè)需求缺口抄瓦，任何用戶只需要在 TBtools 中提交序列潮瓶，軟件會(huì)自動(dòng)提交獲取，并整理結(jié)合以及可視化
https://mp.weixin.qq.com/s/kP6AKtXUqlnsdhBYh4aX6w
三號(hào)插件 - Batch Motifs Viz
這個(gè)插件比較有趣钙姊。能做的事情只有一件毯辅，那么就是基于MEME輸出的XML文件，一次可視化所有 Motifs 的 SeqLogo煞额。這款插件并未完全對(duì)外開放思恐，是 TBtools 的第一個(gè)眾籌插件。具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/JPSXyDzs9D4YjUgGh7UBhw
四號(hào)插件 - SRAtoFastq
SRAtoFastq膊毁，正如其名胀莹，只有一個(gè)作用，即 將 sra 格式文件轉(zhuǎn)換為 fastq 格式婚温。存在大量公開測(cè)序數(shù)據(jù)僅有 sra 格式文件可供下載描焰。用戶使用這一插件，即可完成格式轉(zhuǎn)換栅螟。作為 TBtools RNAseq 系列插件的第一個(gè)荆秦，感興趣的人還是有不少的。當(dāng)然力图，RNAseq 系列插件只針對(duì) Windows 和 MacOS 用戶開放步绸。這一系列插件，均為眾籌插件吃媒，暫時(shí)未有對(duì)外開放的打算瓤介。感興趣的見推文
https://mp.weixin.qq.com/s/WC6Q1wr2M4CsdVZ2XYFjRA
五號(hào)插件 - Fastq2Fasta
Fastq2Fasta，看名字就知道他只能做一個(gè)事情晓折，將 Fastq 格式的序列文件惑朦，轉(zhuǎn)換為 Fasta 格式的序列文件。這個(gè)插件比較有趣漓概。來自于半小時(shí)直播時(shí)漾月，有用戶提起多次。作為回應(yīng)胃珍，我順手寫了梁肿，同時(shí)完全對(duì)外釋放。具體可見
https://mp.weixin.qq.com/s/iuOaOo5Wp1JXA8HkJ1SP5A
六號(hào)插件 - FastQC
FastQC 是一款被廣泛使用的測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量查看軟件觅彰，軟件本身知道界面版吩蔑。但我還是選擇將其打包成這個(gè)插件。主要原因是....方便填抬。當(dāng)然烛芬，另外還有其他一些盡量完善以避免出問題的情況。有時(shí)候一些軟件雖然是Java軟件，但不一定是有完善的跨平臺(tái)實(shí)現(xiàn)赘娄。這一插件屬于眾籌插件仆潮。
具體可見
https://mp.weixin.qq.com/s/Sz9enr_8s9P0goxEObn4TA
七號(hào)插件 - Trimmomatics
質(zhì)量控制是高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析不可缺少的部分。質(zhì)控軟件有很多遣臼，我自己也實(shí)現(xiàn)了一些性置，包括RNAseq和small RNAseq的。權(quán)衡之下揍堰，我沒有選擇二進(jìn)制文件鹏浅，而選擇打包 Trimmomatics，主要原因在于....都是 Java 實(shí)現(xiàn)屏歹，套起來方便隐砸。當(dāng)然，與FastQC插件類似西采，我也做了一些優(yōu)化凰萨，使之能夠更好的跨平臺(tái)。RNAseq系列插件之一械馆，所以仍然是眾籌插件胖眷。
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/Gmazcogi2KBNkv7J4hXh9Q
七號(hào)插件 - Ascp GUI Wrapper
提起這個(gè)插件，還是有趣霹崎。原本我是打算寫轉(zhuǎn)錄本定量插件的珊搀，然而突然發(fā)現(xiàn)找不到測(cè)序數(shù)據(jù)。原本是想著FTP下載的尾菇，無奈速度似乎不太行境析。這種情況下，Aspera是完美解決辦法派诬。然而劳淆，最麻煩的還是在于軟件安裝與環(huán)境配置。想來想去默赂，現(xiàn)在不干沛鸵，以后又要折騰。干脆寫一個(gè)缆八。
于是曲掰，這是一個(gè)完全開放的插件，用戶只需要安裝插件奈辰，即可高效且快速下載測(cè)序數(shù)據(jù)栏妖。
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/YYneVPb3V6Dq5WXiq2JYTQ
八號(hào)插件 - Newick Rename
常常有這種情況，用戶會(huì)拿著一堆序列奖恰，構(gòu)建一個(gè)進(jìn)化樹吊趾⊥鹪＃花了時(shí)間，拿到了樹文本论泛，使用的時(shí)候才發(fā)現(xiàn)序列的 ID 不是自己想要的樣式续滋。于是最好的方法是...進(jìn)行重命名。同樣孵奶，這個(gè)需求來自半小時(shí)直播。我順手就實(shí)現(xiàn)了蜡峰，又是一眾籌插件
https://mp.weixin.qq.com/s/yQCyVIheiJDxqnZ2R3ByEw
九號(hào)插件 - The BEST Gift
啊了袁，這是 TBtools 第一個(gè)游戲插件，在具有情人節(jié)屬性的節(jié)日里湿颅，送給單身朋友最好的禮物载绿，完全開放，隨時(shí)可用
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/sHvoRmEmwR8Tu23XwVFRIQ
十號(hào)插件 - Kallisto GUI Wrapper
這個(gè)插件是 TBtools RNAseq 系列插件的終結(jié)插件油航。打包了 kallisto崭庸，用戶可以高效地，批量地谊囚，基于 Fastq 測(cè)序數(shù)據(jù)怕享，獲取 基因表達(dá)矩陣 和 讀段計(jì)數(shù)矩陣。最大的優(yōu)勢(shì)或許是镰踏，自動(dòng)整合結(jié)果 - 總的來說函筋，不能太方便！５煳薄跌帐！
https://mp.weixin.qq.com/s/zhYjsF-LiPzPetbVh7bfcA
寫在最后
Emmmm，我自認(rèn)為每一個(gè)插件都融合了我個(gè)人的思考绊率。事實(shí)上解決了一些問題谨敛。尤其是 RNAseq 系列插件，目前主要是眾籌朋友的使用階段（不到30人）滤否。我自己在筆記本上兩天脸狸，分析了100+個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序樣品，感覺很爽顽聂。
....
推文寫完了肥惭，突然還是回到現(xiàn)實(shí)，總的來說紊搪，我覺得最好找工作狀態(tài)應(yīng)該是：
- 至少一年以上海外經(jīng)歷蜜葱，最好有海外學(xué)歷
- 博后經(jīng)歷，基本相當(dāng)于講師經(jīng)歷
綜合結(jié)果耀石，或許難道可能即使是目前這樣的環(huán)境牵囤，那么出國(guó)也是必要項(xiàng)爸黄？有趣。
