前面已經(jīng)介紹過(guò)NetworkAnalyst在線分析工具，今天繼續(xù)不厭其煩的再嘮叨它闪朱，今日主題是利用NetworkAnalyst進(jìn)行可視化分析月匣。
第一次介紹NetworkAnalyst在線分析工具時(shí)，我們說(shuō)過(guò)其有五個(gè)功能模塊奋姿，它的分析overview中包含兩塊锄开，“Network Mapping”和“Visual Analytics”。在此称诗，我們今天就談一談“Visual Analytics”萍悴，如何利用NetworkAnalyst繪制火山圖和熱圖。
第一步：選擇我們的“example data”粪狼，這里我們選擇“Estrogen”退腥。依舊按照前文我們介紹過(guò)的，上傳相應(yīng)數(shù)據(jù)再榄，然后質(zhì)檢狡刘。再“proceed”。
第二步：看質(zhì)檢結(jié)果困鸥，觀察有無(wú)進(jìn)行歸一化處理嗅蔬。我們發(fā)現(xiàn)我們示例數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過(guò)log2處理，就繼續(xù)“proceed”吧疾就。如果沒有經(jīng)過(guò)log2歸一化處理澜术，則需要在“normalization”中選擇log 2?transformation。
然后點(diǎn)擊“submit”猬腰，這里你可以進(jìn)一步觀察你的數(shù)據(jù)有無(wú)歸一化鸟废。繼續(xù)選擇“proceed”，然后你可以選擇篩選條件姑荷，這里我們選擇p<0.05盒延，log2FC為2。這里可以看到我們這里存在差異基因2134個(gè)鼠冕。繼續(xù)“proceed”添寺，接下來(lái)我們要到我們這節(jié)重點(diǎn)，可視化分析懈费。
選擇“visual?analytics”计露，可以選擇火山圖和熱圖。差異基因熱圖選擇“ORA?Heatmaps”，全局分析熱圖選擇“GSEA?Heatmaps”票罐。這次我們選擇“ORA?Heatmaps”叉趣。
點(diǎn)擊“proceed”，跳出來(lái)熱圖胶坠，上面工具欄可以選擇分辨率君账，顏色，邊框及聚類基因（建議選擇adjusted P value）,聚類樣本（一般不選擇）等沈善。左側(cè)熱圖是所有基因熱圖概覽乡数。中間區(qū)域?yàn)榻裹c(diǎn)視圖，右側(cè)則是富集分析闻牡。
同樣回到“analysis overview”,選擇火山圖按鈕净赴。我們?cè)谶@個(gè)界面下載svg格式火山圖
鼠標(biāo)移動(dòng)到相應(yīng)的點(diǎn)，左下角可以觀察相應(yīng)基因的信息罩润。
好了玖翅，今天就對(duì)NetworkAnalyst在線工具進(jìn)行差異基因可視化分析描述，謝謝觀看割以。
