作者:白介素2
有沒有一個數(shù)據(jù)庫可以做到一覽眾山小萍桌,把各種腫瘤中差異表達(dá)的miRNA全部收入囊中宵溅,提供一個全景圖十籍?
當(dāng)然有啦别垮,要不你現(xiàn)在看的啥?
先來看看大概長啥樣椒袍?芳名:dbMEMC 2.0 http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/
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大概可以看到一些信息藕施,利用 TCGA,GEO數(shù)據(jù)庫找到數(shù)據(jù)集寇损,limma包分析找到差異基因,包括不同的腫瘤不同的數(shù)據(jù)集全部整合铅碍。下面是大概的一個數(shù)據(jù)情況润绵,背景呢就是發(fā)表在 大名鼎鼎的核酸研究上
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用法1-看自己感興趣的miRNA在不同腫瘤數(shù)據(jù)集的情況
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結(jié)果如下,這個操作有哪些好處胞谈?看下表達(dá)趨勢是否在不同數(shù)據(jù)集一致尘盼?還可看不同腫瘤中的情況如何?考慮一下要不要繼續(xù)往下做烦绳。同時你又找到了數(shù)據(jù)集卿捎,是不是可以順便做點數(shù)據(jù)挖掘,這下就不用去 GEO挨個找了径密。
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用法二:看自己感興趣的腫瘤午阵,包攬各數(shù)據(jù)集,點一點就能看。
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用法三:看自己miRNA各腫瘤熱圖
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是不是以為沒有用法了? 補(bǔ)充用法底桂,作者整理好的數(shù)據(jù)集植袍,分析好的表達(dá)數(shù)據(jù),咱們可以直接下載之后用就是了籽懦,記得引用下哈于个。
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關(guān)于這個數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容,說到這兒暮顺,大家心里都有數(shù)了吧厅篓?
內(nèi)容就分享到這里,白介素同學(xué)祝大家用得愉快捶码!
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