劉小澤寫于18.10.13
這是我第一次使用這個工具，之前下載過但并不知道怎么用瀑晒，只是出于對強大工具的好奇。但這次必須要用到了徘意，前面做了WGCNA苔悦，得到了一些hub genes，那么就要對這些基因進行網(wǎng)絡(luò)可視化椎咧。哪來的自信讓自己去學(xué)習(xí)一個陌生的工具呢玖详？是美感！我們都是視覺動物勤讽，一旦被它的強大所征服蟋座，什么英文文檔，什么操作流程脚牍，都不再是我們的羈絆而是牽引力向臀。并且一定要相信，工具做出來一定不難使用诸狭，否則作者都對不起他自己的勞動券膀，只是偶爾我們需要和作者進行心靈的溝通。
May the force be with you驯遇！
Cytoscape是什么
它誕生于2003年芹彬，旨在為用戶提供開源的網(wǎng)絡(luò)可視化的工具。現(xiàn)在研究單一因素已經(jīng)不能說服別人了叉庐，需要多個實驗舒帮、多個組學(xué)共同表明，比如研究基因共表達陡叠、miRNA-gene互作玩郊、蛋白互作、菌落互作匾竿、靶向調(diào)控等瓦宜。引用量驚人1W+
得到它
下載地址：https://cytoscape.org/download.html蔚万，需要Java8（再高的版本就不支持了）沒有的話也不用擔(dān)心岭妖，安裝程序會自動幫你下載。軟件最大的特色就是支持多種插件（就像chrome為什么好用，就是因為插件齊全）昵慌；缺點就是比較消耗內(nèi)存假夺。
初次見面
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Menus：菜單欄（常用的幾個介紹）
View：顯示或者隱藏上圖的幾大板塊
Select：支持快速選擇相鄰的所有節(jié)點、線
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Layout：多種網(wǎng)絡(luò)形態(tài)供選擇斋攀；還可以在Node Layout tools中對網(wǎng)絡(luò)進行旋轉(zhuǎn)(rotate)已卷、拉伸(scale)；對線(edge)彎曲淳蔼；恢復(fù)成原始面貌(Apply Preferred Layout)
scale選項可以避免太多的節(jié)點湊在一起侧蘸，可以讓它們分散一下
edge選項實現(xiàn)的線彎曲，有時可以讓圖更美觀 App：這一個是軟件的重點
Toolbar：工具欄（許多的快捷操作）
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Network Search：主要的參數(shù)調(diào)整區(qū)域
- Network鹉梨、 Select
- Style：設(shè)置包括三部分：node讳癌，edge，network
NetworkView Window：看圖區(qū)
Table Panel：顯示節(jié)點Node存皂、線Edge晌坤、網(wǎng)絡(luò)Network的屬性
還有右下角的內(nèi)存檢測（紅黃綠三種顏色，綠色表示內(nèi)存充足）
敬個禮握握手
相關(guān)知識
- 節(jié)點node：相互作用的分子如基因旦袋、蛋白等骤菠；
- 線/邊edeg：連接兩個節(jié)點，表示其相互作用疤孕；
- 度degree：與某個節(jié)點相互作用的節(jié)點數(shù)量商乎，度越大，節(jié)點的核心程度越高祭阀；因此如果一個基因分布的通路較多截亦，那么它的度就大，顯示的點就大
先來一個簡單的流程柬讨，獲得點成就感再說
加載數(shù)據(jù)
輸入的node文件和edge文件都是矩陣格式崩瓤，一般txt格式（除非excel才用xls）
Node設(shè)置
顏色，形狀踩官，寬却桶，高，以及結(jié)點標(biāo)簽
node選擇
- 注意右下方的Table panel蔗牡，默認是顯示所有的nodes颖系。按住
shift然后拖動鼠標(biāo)可以一次多選許多nodes，同時table panel中的數(shù)量也隨著你的選擇而改變 - 另外辩越，可以直接在Table panel中選擇嘁扼，然后右鍵
Select nodes from selected rows
直接在Table panel中選擇nodes
node填充色
- 選擇
control panel的style，默認進入node的屬性設(shè)置 -
找到Fill color黔攒，點擊右側(cè)小黑箭頭趁啸，會有一個下拉菜單强缘，根據(jù)node文件的col列進行設(shè)置
設(shè)置顏色
node形狀、大小
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找到shape不傅，根據(jù)node文件shape列進行設(shè)置
設(shè)置形狀大小 高度(Height)旅掂、寬度(Width)、字體大小(Lable font size)都可以設(shè)置访娶；另外可以直接用鼠標(biāo)滾輪放大縮小圖片
其他設(shè)置
更多的設(shè)置在
Properties的旁邊小三角中商虐，點擊展開，可以添加更多的個性化設(shè)置Properties下面三個單詞：Def表示默認設(shè)置崖疤；Map表示全局設(shè)置秘车；Byp表示個性化設(shè)置
另外可以設(shè)置node的排版，在
Layout中有許多樣式劫哼，比如設(shè)置一個Circular Layout就是圓形圖顯示nodes-
如果發(fā)現(xiàn)有的node排列太緊湊鲫尊，可以用
Layout=》Node Layout Tools進行整體拉伸縮放、旋轉(zhuǎn)等 沦偎；還能設(shè)置nodes的排列方式（排列Align疫向、分布Distribution、堆疊Stack）設(shè)置排列
一般不同class的基因放在一起豪嚎，用同心圓的圓圈一層層排列搔驼，組成一個gene family，然后不同的family再直線連接成super gene family侈询。有的時候我們關(guān)注一個family內(nèi)部不同class的不同舌涨，就可能會將同一個class中的基因變小扔字；如果關(guān)注一個class中的基因囊嘉，那么就可以適當(dāng)調(diào)大基因的node大小革为；另外：一個class中基因間的連線除了美觀扭粱，沒有別的作用（不要認為是相關(guān)性的連線）
node還能設(shè)置邊緣框框，可以在其中加圖片震檩，加統(tǒng)計圖
edge設(shè)置
主要包括color和width
- 點擊左下角的Edge琢蛤，可以設(shè)置屬性
-
在Style下方有一個長條的選項欄，可以選擇許多樣式的edge
多種樣式選擇
保存文件
圖像一般選擇pdf抛虏，整個數(shù)據(jù)集session保存為cys
18.10.13 今晚就學(xué)了這些博其，先說這么多??
當(dāng)然還會繼續(xù)學(xué)習(xí)
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