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預(yù)測miRNA結(jié)合位點的工具很多，以TargetScan為代表的工具旱捧，利用結(jié)合位點的保守性進(jìn)行預(yù)測独郎，對于大部分保守的結(jié)合位點而言其準(zhǔn)確性較好，然而還是有部分miRNA結(jié)合位點是非常規(guī)的枚赡，在物種間并不保守氓癌，對于這部分位點的預(yù)測，就需要在算法上進(jìn)行改進(jìn)贫橙。
miRanda軟件通過以下兩個因素來判斷miRNA結(jié)合位點
miRNA和mRNA間的序列互補匹配程度
-
形成的復(fù)合結(jié)構(gòu)的自由能
示意圖如下
直接根據(jù)序列匹配的打分值和對應(yīng)的自由能來評估結(jié)合位點的可能性贪婉，由于不依賴結(jié)合位點的保守性，能夠更加廣泛的評估m(xù)iRNA結(jié)合位點卢肃。
mirSVR是一套打分機制疲迂，通過一個回歸模型對miRanda預(yù)測出來的結(jié)合位點進(jìn)行打分才顿，分值越低該結(jié)合位點越可靠。
開發(fā)者通過miRanda和mirSVR, 預(yù)測了人尤蒿，小鼠等5個常見物種的miRNA集合位點信息郑气，并將結(jié)果整理成了數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下
http://www.microrna.org/microrna/home.do
該數(shù)據(jù)庫中包含的物種和miRNA數(shù)量匯總?cè)缦?/p>
支持根據(jù)miRNA或者mRNA對數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索优质，檢索結(jié)果示意如下
可以看到竣贪，軟件預(yù)測的結(jié)果是非常多的军洼，一個miRNA有幾千個候選的靶基因巩螃。點擊view targets可以看到對應(yīng)的靶基因列表和mirSVR值。
該數(shù)據(jù)庫是免費下載的匕争，同時還提供了miRanda軟件的下載避乏，但是對于mirSVR打分系統(tǒng)的源代碼，目前還沒有提供甘桑。
miRanda軟件的基本用法如下
miranda miRNA.fa genome.fa ?\
-sc ?150 ?\
-en ?-7 \
-out target.txt第一個參數(shù)為miRNA的序列拍皮，第二個參數(shù)為基因組序列，比如轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的3’UTR序列跑杭，-sc指定序列比對打分的閾值铆帽，小于該閾值的結(jié)合位點會被過濾掉，-en指定自由能的閾值德谅，結(jié)果必須小于該閾值才可以爹橱，更多用法請參考官方文檔。
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