花了2個(gè)多小時(shí)終于編譯安裝好了openbabel的python接口。
整理要點(diǎn)如下：
- 要安裝openbabel的python接口必須先安裝Eigen
git clone https://gitlab.com/libeigen/eigen.git
openbabel的版本需要用最新的2.4.1，低版本如果用GCC 5以上進(jìn)行編譯會(huì)有bug帮匾。openbabel的2.4.1的鏈接是：
https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/
如果用GCC 4可能可以編譯通過openbabel的低版本带膀，但是我沒有測(cè)試過步势。編譯安裝openbabel
cd openbabel-2.4.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DPYTHON_BINDINGS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/share/apps/openbabel/2.4.1 -DEIGEN3_INCLUDE_DIR=/home/share/codes/eigen
make -j4
make install
PYTHON_BINDINGS用來開啟python接口的編譯
CMAKE_INSTALL_PREFIX用來指定openbabel將要安裝的路徑
EIGEN3_INCLUDE_DIR用來指定在上一步安裝的eigen的路徑
- 安裝完之后需要設(shè)置python環(huán)境變量才能在python中正常使用
export PYTHONPATH=${babel_installation_path}/lib/python2.7/site-packages:${PYTHONPATH}
其中babel_installation_path是openbabel的安裝路徑国撵。
可選擇將上述語(yǔ)句加入到~/.bashrc文件瞪醋。
- 在python中輸入
import openbabel可測(cè)試是否安裝成功
