問(wèn)題來(lái)源：提供有小鼠的某一miRNA懂衩，想預(yù)測(cè)其相關(guān)的lncRNA和circRNA？
首先，miRNA-circRNA的靶向預(yù)測(cè)分兩種情況：
通過(guò)某一circRNA去預(yù)測(cè)相關(guān)miRNA浊洞，這一點(diǎn)很多自建網(wǎng)站就可以完成牵敷，如RegRNA2；RNAhybrid法希；
通過(guò)某一miRNA去預(yù)測(cè)相關(guān)circRNA枷餐，往往由于circRNA的數(shù)據(jù)庫(kù)及序列不是很完善，需要自己開(kāi)發(fā)流程去做苫亦。
結(jié)合以上兩點(diǎn)毛肋，有一勞永逸的方法：通過(guò)編寫(xiě)簡(jiǎn)單sh腳本，實(shí)現(xiàn)批量預(yù)測(cè)屋剑，只需要提供相應(yīng)所有miRNA和circRNA的序列即可润匙。具體方法如下：
公司有自己的方法，主要依賴miRanda的算法唉匾。市面上主流的預(yù)測(cè)方法有三種：miRanda孕讳、Targetscan、RNAhybird巍膘。這三種方法都可以提供在線分析手段厂财，但受限于數(shù)量和數(shù)據(jù)庫(kù)收錄與否；所以大部分尋求linux的批量操作峡懈，且提供序列即可運(yùn)行（每種方法也都有提供腳本）
miRanda
RNAhybird
Targetscan
2. 華大開(kāi)發(fā)的一種方法：qTar(https://github.com/zhuqianhua/qTar.git) , 可直接下載璃饱。在linux系統(tǒng)上運(yùn)行，步驟如下：
1git?clone?https://github.com/zhuqianhua/qTar.git
2cd?qTar
3make
4cd?example
5sh?run.sh
有l(wèi)inux系統(tǒng)和服務(wù)器的童鞋們可以試試肪康！我想大家都沒(méi)有~
今天的內(nèi)容就到這里~~~荚恶，更多內(nèi)容可關(guān)注公共號(hào)“YJY技能修煉”~~~
