下載安裝GATK
# nohup conda install -y gatk &
# 一句話就可以解決
# 但是conda 裝的都是gatk 3.0版本的」峤Γ現(xiàn)在已經(jīng)是4.0了
1566047144794.png
下載GATK4
cd ./my_disk/biosoft
nohup wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.3.0/gatk-4.1.3.0.zip &
unzip gatk-4.1.3.0.zip
最后再windows 端下載的进肯，因?yàn)閣get下載速度很慢
1566049987238.png
解壓以后就可以使用
為了方便使用可以配置到環(huán)境變量中
echo $PATH
# 備份烫映，防止出錯(cuò)用
#/home/chenyuqiao/miniconda2/envs/wes/bin:/home/chenyuqiao/.aspera/connect/bin:/home/chenyuqiao/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
echo export PATH="/home/chenyuqiao/my_disk/biosoft/gatk-4.1.3.0:$PATH" >> ~/.bashrc
source .bashrc
1566050711432.png
