今天的推文內(nèi)容來自論文 Clustering and superspreading potential of SARS-CoV-2 infections in Hong Kong灸蟆， 期刊是 Nature Medicine

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論文的數(shù)據(jù)代碼公開钻洒，非常好的學(xué)習(xí)R語言的素材

數(shù)據(jù)代碼地址 https://github.com/dcadam/covid-19-sse

今天的推文內(nèi)容我們來學(xué)習(xí)一下論文中的 Extended Data Fig. 3a 夫晌，堆積柱形圖

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這個圖是使用R語言的ggplot2包實現(xiàn)宦芦，用到的函數(shù)是geom_bar(),數(shù)據(jù)如果是離散變量，通常只需要一列數(shù)據(jù)就可以盒刚，出圖以后柱子的高度展示的是這個變量出現(xiàn)的次數(shù)秩铆，下面我們構(gòu)造一份數(shù)據(jù)

df<-data.frame(axis.x=c(rep("A",3),
                        rep("B",5),
                        rep("D",4)))
df

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ggplot2畫圖

ggplot(data=df,aes(x=axis.x))+
  geom_bar()

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如果要搞成堆積柱形圖的形式，在添加一列新的變量用來填充顏色

df<-data.frame(axis.x=c(rep("A",3),
                        rep("B",5),
                        rep("D",4)),
               axis.y=c(sample(c("apple","orange","banana"),
                               12,replace=T)))
df
library(ggplot2)
ggplot(data=df,aes(x=axis.x))+
  geom_bar(aes(fill=axis.y))

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以上是基本內(nèi)容耘纱，接下來我們看一下論文中的數(shù)據(jù)和代碼

bar_data <- readr::read_csv("Single_Cell/covid-19-sse-master/data/bar_data.csv")
bar_data

ggplot(data=bar_data) +
  geom_bar(aes(x = epi.date, fill = cluster.generation), width = 0.9) +
  scale_x_date(name = "Onset Date",
               date_breaks = "2 days", 
               date_labels = "%d %b", 
               minor_breaks = NULL) +
  scale_y_continuous("Case Count", expand = c(0,0), breaks = seq(0,16, by = 2), limits = c(0,16)) +
  theme_classic() +
  theme(#aspect.ratio = 0.3, 
        legend.position = 'none', 
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1 )) +
  scale_fill_viridis_d()

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這里學(xué)習(xí)到了一個新的知識點：ggplot2作圖x軸如果是時間格式的數(shù)據(jù)默認(rèn)顯示的是 日加月份，這個時候如果要更改x軸的標(biāo)簽需要用到scale_x_date()函數(shù)

接下來使用R語言里的economics數(shù)據(jù)集畫一個折線圖

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year')+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

image.png

breaks的參數(shù)可選

• day week month year

日期的顯示格式

image.png

如果只想顯示年

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y")+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

還可以更改年月日之間的分隔符

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y,%B,%d")+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

這里我遇到的問題是：我的月份默認(rèn)顯示的是中文毕荐，如何將他改成英文呢束析？

還可以只選取一定的范圍

min <- as.Date("2002-1-1")
max <- NA
ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y,%B,%d",
               limits = c(min,max))+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

image.png

參考鏈接

• https://www.datanovia.com/en/blog/ggplot-date-axis-customization/
• https://www.r-graph-gallery.com/279-plotting-time-series-with-ggplot2.html

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