Circbase （http://cirbase.org/）
這個數(shù)據(jù)庫收集了幾千條在真核細胞表達的 circRNAs,是個公共 circRNA 數(shù)據(jù)集焰薄， 有相應(yīng) circRNA 詳細信息，還可以下載 circRNA 序列禁舷。
CIRCpedia v2? http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）
CIRCpedia v2 是一個更新的綜合數(shù)據(jù)庫拦键，包含來自 6 個不同物種的 180 多個 RNA-seq 數(shù)據(jù)集共 262782 條的 circRNA 注釋谣光。該數(shù)據(jù)庫允許用戶搜索、瀏覽和下載具有各種細胞類型/組織(包括疾病樣本)表達特征的環(huán)狀 rna矿咕。
此外抢肛，更新后的數(shù)據(jù)庫包含了人類和小鼠之間環(huán)狀 rna 的保守性分析。
3.Circular RNA Interactome (http://circinteractome.nia.nih.gov/Circular_RNA/circular rna.html)
該數(shù)據(jù)庫預(yù)測了已知的 109 個 RNA 結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)集與 circbase 中的 circRNA 的結(jié)合位點碳柱，并利用 Targetscan 軟件預(yù)測了 miRNAs 與 circRNA 的潛在結(jié)合位點。此外熬芜， 該數(shù)據(jù)庫還可以用于設(shè)計環(huán)狀 RNA 引物莲镣， 針對環(huán)狀 RNA 的 siRNA。
circRNADb (http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php)
首個匯總編碼蛋白環(huán)狀 RNA 的數(shù)據(jù)庫涎拉， 共收錄了 32,914 個帶注釋的人類外顯子 circRNA瑞侮， 是一個完整的人類環(huán)狀 RNA 分子數(shù)據(jù)庫， 每條記錄包含詳細的基因組信息鼓拧、 RNA 編輯情況半火、 IRES 序列元件、 預(yù)測的 ORF 等信息季俩， 可以作為大規(guī)模研究人類 circRNA 的寶貴資源钮糖。
可以根據(jù)基因名、細胞類型酌住、pubmedID和蛋白編碼能力瀏覽：
這里展示的是有蛋白編碼證據(jù)的circRNA：
TSCD (tissue-specific circRNA database) ( http://gb.whu.edu.cn/TSCD)
此數(shù)據(jù)庫是一個系統(tǒng)分析組織特異性環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫店归。包含人和小鼠 2 個物種， 16 種組織的特異性環(huán)狀RNA酪我。
比如心臟特異性表達的circRNA：
及預(yù)測結(jié)合的miRNA：
MiOncoCirc (https://mioncocirc.github.io/)
由密歇根大學(xué)開發(fā)的由癌癥臨床樣本匯編的環(huán)狀 rna 數(shù)據(jù)庫消痛。在這個數(shù)據(jù)庫里面可以查詢到某個 circRNA 在不同癌癥臨床樣本的表達情況：
7.CSCD（cancer-specific circRNA database） ( http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)
這個數(shù)據(jù)庫是由武大何春江教授發(fā)布一個全新的腫瘤特異性 circRNA 數(shù)據(jù)庫。
根據(jù)腫瘤細胞查找circRNA：
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
這個外泌體環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫是由復(fù)旦黃勝林教授開發(fā)的都哭。exoRBase 數(shù)據(jù)庫共收錄了 58330 種 circRNAs秩伞， 15501 種 lncRNAs， 18333 種 mRNAs欺矫，它們來自 92 份血清外泌體 RNA-seq 測序樣本纱新。作者還依據(jù)GTEx project 獲得組織特異性 RNA 表達特征，分析了相關(guān) RNA分子的組織來源汇陆。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 這個數(shù)據(jù)庫是由武大何春江教授發(fā)布一個全新的腫瘤特異性 circRNA 數(shù)據(jù)庫怒炸。
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
這個外泌體環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫是由復(fù)旦黃勝林教授開發(fā)的。exoRBase 數(shù)據(jù)庫共收錄了 58330 種 circRNAs毡代， 15501 種 lncRNAs阅羹， 18333 種 mRNAs勺疼，它們來自 92 份血清外泌體 RNA-seq 測序樣本。作者還依據(jù)GTEx project 獲得組織特異性 RNA 表達特征捏鱼，分析了相關(guān) RNA分子的組織來源执庐。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
