- 如果沒有該基因組細胞器序列，需要先組裝細胞器序列彼城，再比對去除
- 如果有了該基因組的細胞器基因組（如公開數(shù)據(jù)庫可獲茸绲）退个，通過比對去除
細胞器基因組組裝：
- 基于有參的組裝
有近源的細胞器基因組序列，可用mira + MITObim進行迭代比對組裝 - 基于無參的組裝
如果沒有近源的細胞器序列可用调炬，只能基于de nova組裝语盈，如果有測序的三代數(shù)據(jù)，最好是用三代數(shù)據(jù)組裝缰泡。- 若是動物刀荒，下載多個動物細胞器基因組序列（>1000條），同理植物
- minimap2將三代reads比對到下載的細胞器基因組棘钞，并根據(jù)coverage和比對長度過濾缠借，得到候選reads
- 三代軟件組裝
細胞器序列去除：
將細胞器基因組比對至組裝版本基因組，對比對結果過濾宜猜。過濾條件可以為比對coverage 及比對長度泼返，對達到比對長度和coverage的序列去除，對達到比對達到比對長度但未達到coverage的序列的比對上部分從基因組中移除姨拥。
