這一視頻講的是somatic variants discovery狼讨，主要是集中在腫瘤樣品上蟀淮。視頻地址：here
下面這幅圖簡單的展示了在腫瘤環(huán)境里的情況桐早。在腫瘤發(fā)展的過程中境输，包含mutation events招刨。There are a variety of things that happen within this tissue. Where you start with one cell that mutates and end up with a kind of cascades of events that leads to a tumor.在腫瘤里有很多種細胞lineages.有的細胞只是neutral mutation沥邻，不起任何的作用酌心。但有些mutation荠察，就像下面圖里紅色標記的driver mutations译柏。這些mutation導致了腫瘤的發(fā)生镣煮。你要明白一點的是，當你取一塊腫瘤樣品進行測序的時候鄙麦，你絕對不是在測某一群細胞典唇，你是在測很多種細胞群镊折，每一個細胞群又有自己的mutations。所以somatic的背景要比germline復雜的多介衔。
下面說一下driver mutations恨胚。我們都知道有幾種情況可以導致tumor。我們需要找到的是那些在腫瘤里response所有factors的variants炎咖，而不是我們本身就帶有的那些mutations（from germline）赃泡。一般來說我們需要把腫瘤樣品測序，并且把與之對應的正常樣品進行測序乘盼，從而區(qū)分哪些是driver mutations升熊。
一個比較困難的問題是，當你取樣品的時候绸栅，你很難取到pure normal和pure tumor级野，因為在tumor的發(fā)展過程中，a lot of biology that's happening粹胯。大部分情況下蓖柔，對應的正常樣品是血液樣品，然而即便是血液樣品风纠，你仍然會測序得到少量的循環(huán)腫瘤細胞（轉(zhuǎn)移出來的）况鸣。
在germline的分析中，一般背景noise比較小议忽，技術(shù)方面的noise也會相對小很多懒闷。但是在somatic context里，背景noise會大的多栈幸。所以你不能用germline分析的pipline去分析somatic樣品愤估。
需要提示的是，在cancer context里速址，你會有很多的somatic alterations玩焰。在germline分析中，你會看到你預料到的染色體組型芍锚，但是在腫瘤樣品里昔园，你會看到很多不同的結(jié)果。染色體有很多的缺失或者重組等等并炮。
對于somatic的分析流程默刚，主要有兩個，分別是針對short variants和copy number variants逃魄。主講人會在之后的視頻里講具體的細節(jié)荤西。
先來看看第一種，short variants。下面這張圖展示的是腫瘤-正常樣品對照的結(jié)果邪锌。取的樣品是腫瘤患者的tumor和他自身正常的組織勉躺。左邊的紫色標記的位點只存在腫瘤樣品里，我們可以認為它是潛在的somatic SNV觅丰，而中間黃色標記的位點在germline樣品里也存在饵溅，所以這個位點并不是腫瘤樣品里特有的。但是這樣比較的前提是：你必須有配對的正常組織對照妇萄！
但是有的時候蜕企，你無法拿到患者的正常組織的時候該怎么辦呢？這是你需要PON（panel of normal）：
什么是PON呢嚣伐？The panel of normals is a reference of panel that ultimately a list of variants that you generates from a bunch of normal samples. They can be completely unrelated to the subjects in your analysis. And the idea is to take samples that were sequenced generated with the same technology, processed in the same way.可以幫助我們降低noise糖赔。
對于copy number variants的分析，是與short variants分析完全不同的轩端。實際上你是在分析在某一個given site上有多少coverage。從而推測copy number的增加或者是減少逝变。在copy number variants的分析中基茵，最重要的步驟是normalization。在計算coverage的比例后壳影，需要對其標準化拱层。具體的細節(jié)會在之后的視頻里講到。關于copy number variants的對照宴咧，你可以使用unrelated samples.
