在功能磁共振成像的早期肢专，幾乎每個(gè)實(shí)驗(yàn)室都有自己的數(shù)據(jù)分析軟件包，不同實(shí)驗(yàn)室之間的程序幾乎沒有一致性焦辅。隨著功能磁共振成像的成熟博杖，這些內(nèi)部軟件包中的幾個(gè)開始分發(fā)到其他實(shí)驗(yàn)室，隨著時(shí)間的推移筷登，其中幾個(gè)軟件包開始作為成熟的分析套件分發(fā)剃根，能夠執(zhí)行功能磁共振研究的所有方面的分析。
今天前方，有許多用于功能磁共振數(shù)據(jù)分析的綜合軟件包狈醉，每個(gè)軟件包都有忠實(shí)的追隨者廉油。(參見表1.1)所有這些包的網(wǎng)站都鏈接到圖書網(wǎng)站。
1. SPM
SPM（統(tǒng)計(jì)參數(shù)映射）是第一個(gè)被廣泛使用且開放分布的用于fMRI分析的軟件包苗傅。它由卡爾·弗里斯頓(Karl Friston)和他在實(shí)驗(yàn)室的同事開發(fā)抒线，當(dāng)時(shí)被稱為倫敦大學(xué)學(xué)院(University College London)的功能成像實(shí)驗(yàn)室(FIL)，它始于20世紀(jì)90年代初渣慕，最初是一個(gè)分析PET數(shù)據(jù)的程序嘶炭，然后在20世紀(jì)90年代中期被改編用于分析fMRI數(shù)據(jù)。它仍然是最受歡迎的功能性磁共振成像分析軟件包摇庙。SPM是用MATLAB構(gòu)建的旱物，這使得它可以在非常廣泛的計(jì)算機(jī)平臺上訪問。此外卫袒，MATLAB代碼的可讀性相對較好，這使得查看代碼并準(zhǔn)確了解程序正在做什么變得很容易单匣。即使不使用SPM作為主要分析軟件包夕凝，SPM軟件包中的許多MATLAB函數(shù)對于處理數(shù)據(jù)、讀取和寫入數(shù)據(jù)文件以及其他函數(shù)也很有用户秤。SPM還可以通過其工具箱功能進(jìn)行擴(kuò)展码秉，并且可以通過SPM網(wǎng)站獲得大量擴(kuò)展。SPM的一個(gè)獨(dú)特功能是它的連通性建模工具鸡号，包括心理生理相互作用和動(dòng)態(tài)因果建模转砖。SPM提供的可視化工具相對有限，許多用戶利用其他包進(jìn)行可視化鲸伴。
2. FSL
FSL(FMRIB軟件庫)是由牛津大學(xué)的Stephen Smith和他的同事創(chuàng)建的府蔗，并于2000年首次發(fā)布。由于FSL實(shí)施了許多前沿技術(shù)汞窗，因此近年來已獲得了廣泛的普及姓赤。首先，F(xiàn)SL一直站在fMRI數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)建模的前沿仲吏，開發(fā)和實(shí)現(xiàn)了許多新的建模不铆、估計(jì)和推理技術(shù)，這些技術(shù)在他們的FEAT裹唆、FLAME和隨機(jī)模塊中實(shí)現(xiàn)誓斥。其次，F(xiàn)SL包括一個(gè)強(qiáng)大的獨(dú)立分量分析工具箱(ICA)许帐，該工具箱在偽影檢測和靜息狀態(tài)fMRI數(shù)據(jù)建模方面已變得非常流行劳坑。第三，F(xiàn)SL包括一套復(fù)雜的工具舞吭，用于分析擴(kuò)散張量成像數(shù)據(jù)泡垃，用于分析白質(zhì)的結(jié)構(gòu)析珊。FSL包括一個(gè)功能越來越強(qiáng)大的可視化工具，稱為FSLView蔑穴，它包括覆蓋一些概率地圖集和像電影一樣查看時(shí)間序列的能力忠寻。FSL的另一個(gè)主要優(yōu)勢是它與網(wǎng)格計(jì)算的集成，這允許使用計(jì)算集群來極大地加速對非常大的數(shù)據(jù)集的分析存和。
3. AFNI
AFNI(功能神經(jīng)圖像分析)是由羅伯特·考克斯和他的同事們創(chuàng)建的奕剃，他們先是在威斯康星醫(yī)學(xué)院，然后是在國立心理健康研究院(National Institutes Of MentalHealth)捐腿。AFNI是在一年一度的功能性核磁共振成像(FMRI)期間開發(fā)出來的纵朋，并擁有一批忠實(shí)的追隨者。它的主要優(yōu)勢在于其非常強(qiáng)大和靈活的可視化能力茄袖，包括使用SUMA工具箱集成體積和皮質(zhì)表面可視化的能力操软。AFNI的統(tǒng)計(jì)建模和推理工具歷來不如SPM和FSL中的工具復(fù)雜。然而宪祥，最近的工作已經(jīng)將Afni與R統(tǒng)計(jì)軟件包相結(jié)合聂薪，這允許使用R中可用的更復(fù)雜的建模技術(shù)。
4.?其他重要軟件包
BrainV oyager：是由Brain Innovation的Rainer Goebel和Coll lLeague開發(fā)的蝗羊，是功能磁共振成像分析的主要商業(yè)軟件包藏澳。它適用于所有主要的計(jì)算平臺，尤其以其易用性和精致的用戶界面而聞名耀找。
FreeSurfer：是由馬薩諸塞州總醫(yī)院的Bruce Fischl和Coll開發(fā)的一個(gè)解剖MRI分析軟件包翔悠。盡管它本身不是一個(gè)fMRI分析包，但它對于fMRI分析已經(jīng)變得越來越有用野芒，因?yàn)樗峁┝艘宰钌俚娜斯ぽ斎胱詣?dòng)生成皮質(zhì)表面模型和解剖切片的方法蓄愁。然后，這些模型可以用來使用基于表面的方法來對齊對象之間的數(shù)據(jù)复罐，在某些情況下涝登，這種方法可能比更標(biāo)準(zhǔn)的基于體積的方法更精確，用于對象間的對齊效诅≌凸觯可以導(dǎo)入使用FSL或SPM獲得的統(tǒng)計(jì)結(jié)果，并將它們投影到重建的皮質(zhì)表面上乱投，所有這些都是基于表面的分組統(tǒng)計(jì)分析咽笼。
以上內(nèi)容來自《Handbook of functional MRI Data Analysis》。
