首先準(zhǔn)備輸入文件（vcf文件和表型文件）
基因型推斷
beagle -Xmx4g -Djava.io.tmpdir=./TMP gt=./yuanguoxin.vcf out=yuanguoxin.impute impute=true window=10 nthreads=2
#用beagle軟件做基因型推斷
格式轉(zhuǎn)換
plink --vcf ../data/Real_snp.vcf --maf 0.05 --geno 0.1 --recode12 --output-missing-genotype 0 --transpose --out snp_filter --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr
##轉(zhuǎn)換為tped格式累魔，emmax軟件所必須的
會生成 tfam、tped沟突、map文件
根據(jù)tfam文件ID將你的表型文件排序
表型文件
tfam文件
die "perl $0 <tfam> <pheno.table> >pheno.emmax.table\n" unless @ARGV==2;
my $tfam = shift;
my $trait = shift;
my %trait;
open IN, $trait || die $!;
while(<IN>){
chomp;
next if (/^\s*$/);
my @t = split /\s+/;
next if ( scalar(@t) != 2);
if($t[1] =~ /^[0-9.]+$/){
$trait{$t[0]} = $t[1];
# print "phe:$_\n";
}
}
close IN;
open FM, $tfam || die $!;
while(<FM>){
chomp;
next if (/^\s*$/);
my @t = split /\s+/;
if(exists $trait{$t[0]}){
print "$t[0]\t$t[0]\t$trait{$t[0]}\n";
}
else{
print "$t[0]\t$t[0]\tNA\n";
}
}
close FM;
生成親緣關(guān)系矩陣
/home/data/t0202008/software/emmax-kin-intel64 -v -d 10 -o ./pop.kinship snp_filter
GWAS
/home/data/t0202008/software/emmax-intel64 -v -d 10 -t snp_filter -p trait.sort.txt -k pop.kinship -o emmax.out 1> emmax.log 2>emmax.err
GWAS結(jié)果
