一崎苗、Linux軟件下載與安裝
1.下載miniconda（來自清華鏡像）
-
cd biosoft進入目標(biāo)目錄 -
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下載軟件
2. 安裝并激活軟件
- 安裝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 激活
source ~/.bashrc - 添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
二、miniconda的使用
1. 基本操作
- 查看軟件列表
conda list - 搜索軟件
conda search fastqc - 安裝
conda install fastqc -y - 卸載
conda remove fastqc -y
2.conda環(huán)境
- 因為處理不同數(shù)據(jù)用到的軟件不同，且如果使用多個軟件結(jié)合可能對軟件版本要求也不盡相同温峭，所以需要根據(jù)自己的目的定制锁孟，如處理數(shù)據(jù)1時用“A 1.0+B 1.5”，處理數(shù)據(jù)2時用“A 2.0+B 1.5”协怒，這樣可以組合成不同的conda環(huán)境。
（1） 查看conda環(huán)境conda info --envs
（2） 新建環(huán)境conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
含義是新建一個名為“rnaseq”的環(huán)境卑笨，指定python版本是3孕暇，自動下載fastqc+trimmomatic。
（3）激活環(huán)境conda activate rnaseq
（4）退出當(dāng)前環(huán)境conda deactivate
學(xué)習(xí)完已經(jīng)是第四天了，辛苦妖滔！
