【軟件使用】PyMol入門教程

主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標(biāo)）操作

1.認(rèn)識PyMol

1. 軟件界面介紹

image.png

1.2 內(nèi)置demo介紹

打開PyMOL,點(diǎn)擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點(diǎn)擊Demo->Representations 然后在2.3 對象窗口 和 2.4模式窗口之間會出現(xiàn)各種示例：

1.Representations
2.Cartoon Ribbons
3.Roving Detail
4.Roving Density
5.Transparency
6.Ray Tracing
7.Sculpting
8.Scripted Animation
9.Electrostatics
10.CGOs
11.Molscript/R3D Input
12.End Demonstration 關(guān)閉示例


image.png

1.3 設(shè)置和查看工作路徑

點(diǎn)擊1.1菜單窗口 File->Working Directory->Change 可以查看現(xiàn)在的工作目錄在哪里冕末，也可以設(shè)置新的路徑作為工作目錄捷兰。

工作目錄的作用：默認(rèn)文件的打開和保存都是從該文件開始。下載文件的保存位置也是在工作目錄吃引。這一點(diǎn)與R語言類似，我也是習(xí)慣一個項(xiàng)目新建一個project，方便以后查看期升。

工作目錄設(shè)置習(xí)慣

建議：

  • 1.不同項(xiàng)目設(shè)置不同的工作目錄
  • 2.設(shè)置一個默認(rèn)工作目錄
  • 3.不要把工作目錄設(shè)置在軟件安裝目錄

雙擊PDB文件打開PyMOL,會自動切換工作目錄到該P(yáng)DB文件所在目錄。
從軟件安裝處打開PyMOL, 則工作目錄為軟件安裝目錄互躬。

1.4 下載蛋白

從PDB網(wǎng)站上下載蛋白播赁，如 4hbk.pdb, 也可以直接通過PyMOL 下載蛋白，點(diǎn)擊菜單欄中的 File->Get PDB,如下圖圖所示, 在PDB ID 對應(yīng)的框中填入PDB的編號就可以了吼渡，不要包含后綴.pdb 容为。


image.png

點(diǎn)擊Download，你會發(fā)現(xiàn)PyMOL會自動加載該蛋白，在工作路徑 D:\PyMOLstartedManual 下面出現(xiàn) 4hbk.cif 文件坎背，隨著PDB解析的結(jié)構(gòu)越來越大替劈，PDB格式文件的局限性就暴露出來，不能超過9999個原子得滤，因此正在逐漸用cif 格式取代pdb 格式陨献。

2.介紹"ASHLC"

2.1 蛋白的展現(xiàn)形式(show)

在2.3對象列表窗口中，我們可以看到現(xiàn)在有2個object 名字懂更，

  • 1個是all, all 不是真實(shí)的object,它代表了所有的object
  • 1個是4hbk, 4hbk 就是我們剛剛載入的蛋白
    每個object 都有對應(yīng)的A S H L C操作,如下圖所示：
    image.png
  • Action 主要包含了對object的常用操作的集合眨业，如 復(fù)制、刪除object,對object加氫沮协，展示Object等龄捡；
  • Show 將object 渲染成cartoon 、line皂股、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式墅茉；
  • Hide 根據(jù)object的狀態(tài)或者描述進(jìn)行相應(yīng)的掩藏；
  • Label 顯示object中殘基 原子等名稱或者屬性 - Color 對Object 進(jìn)行著色呜呐。
    下面對Show 著重講解： show 有2類操作方法：
  • show as 分別點(diǎn)擊S->as->cartoon 和S->as->stick,
    我們可以觀察到AS模式是把原有的渲染模式抹除后再重新渲染就斤，經(jīng)過上述操作后僅僅顯示stick形式
  • show 點(diǎn)擊S->as->cartoon 再點(diǎn)擊S->stick;
    我們可以觀察到SHOW方法，是保留原有的渲染蘑辑，再添加新的渲染洋机。
    我們先對4hbk object點(diǎn)擊 S->as->cartoon,然后點(diǎn)擊S->as->stick,效果如圖Fig5

我們先對4hbk object點(diǎn)擊 S->as->cartoon,然后點(diǎn)擊S->stick,效果如圖Fig6

Fig5.png
Fig6.png

蛋白對象的簡單平移、旋轉(zhuǎn)洋魂、縮放
首先將鼠標(biāo)移動到2.1可視化窗口

  • 平移绷旗，按住鼠標(biāo)中鍵不放，然后上下左右移動副砍，進(jìn)行體會衔肢，蛋白會隨著鼠標(biāo)而移動
  • 旋轉(zhuǎn)，按住鼠標(biāo)左鍵不放豁翎，然后上下左右移動鼠標(biāo)角骤，蛋白會進(jìn)行旋轉(zhuǎn)
  • 縮放，按住鼠標(biāo)右鍵不放心剥，然后上下移動邦尊，蛋白會進(jìn)行縮放
  • 切割 滾動鼠標(biāo)中鍵， 建議將蛋白渲染成surface模式优烧，然后滾動鼠標(biāo)中鍵

當(dāng)軟件不能正常使用上述操作蝉揍，可以點(diǎn)擊
File->Reinitialize->Original Settings (推薦)
File->Reinitialize->Everything 注意的是該操作會刪除當(dāng)前所有的Object.

2.2 Action

第一部分： 常用顯示操作

  • 點(diǎn)擊 A->preset->simple 顯示蛋白的簡單形式
  • 點(diǎn)擊 A->preset->ball and stick 顯示球棍模型
  • 點(diǎn)擊 A->preset->b-factor putty 基于bfactor數(shù)值顯示蛋白的柔性
  • 點(diǎn)擊 A->preset->publication 高質(zhì)量出版標(biāo)準(zhǔn)

第二部分 對象的操作

  • 刪除水分子 A->remove waters
    該操作屬于紅色警告操作，不可逆操作畦娄。刪除水分子后又沾，無法通過Ctrl-Z進(jìn)行撤銷弊仪。
  • 增加刪除氫原子
    在line和stick 模式下面可以看到H原子，cartoon模式下面看不到氫原子,因此在line或者stick模式下捍掺，執(zhí)行下述操作撼短。
  • A->Hydrogens->remove 刪除所有氫原子
  • A->Hydrogens->add 增加所有氫原子
  • A->Hydrogens->remove non polar 刪除所有非極性氫原子，我們可以看到C上的氫原子全部被刪除
  • A->Hydrogens->remove 再次刪除所有氫原子
  • A->Hydrogens->add polar 增加極性氫原子

第三部分 對象的復(fù)制 剪切 刪除 重命名

  • 復(fù)制 A->Copy to object->new
    我們會得到一個名為new的object,為了和4hbk object 進(jìn)行區(qū)分挺勿。
    對4hbk 的obect 點(diǎn)擊C->cyan 和S->AS ->cartoon
    對obj01 點(diǎn)擊 C->green 和S->as->stick
  • 重命名 obj01-> 4hbk_02
    對obj01 點(diǎn)擊A->rename object
  • 刪除 A->delete object
    如果要刪除當(dāng)前所有的object的話，可以在1.3命令輸入窗口輸入delete all喂柒。

  • 剪切 適合選中的對象 A->Extract
    我們可以通過剪切的操作把配體和蛋白分開不瓶，首先選中配體，然后點(diǎn)擊A->extract object 就可以了灾杰， 原來結(jié)構(gòu)中的配體就跑到obj01中了，這樣就分開了蛋白和配體。下面會有具體的例子來說明兴泥。


    image.png

第四部分 Action->generate 操作

  • 顯示蛋白的靜電勢圖 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了局骤。

查看小分子和蛋白的氫鍵作用
由于4hbk 蛋白中沒有小分子，這里我以 PDB id: 為例演示昭娩。 點(diǎn)擊 A->preset->ligand sites 效果如圖所示凛篙，其中黃色的虛線就是氫鍵。
對標(biāo)注的氫鍵栏渺，查看距離和角度呛梆，進(jìn)一步確定氫鍵的合理性和強(qiáng)度。
查看小分子和蛋白的相互作用磕诊，推薦軟件 schrodinger中l(wèi)igand interaction填物。 制作相互作用的二維圖，根據(jù)提示霎终，然后再在pymol確認(rèn)并繪制這些相互作用滞磺。

2.3 蛋白對象的Hide操作

和remove delete 操作相比，hide操作更加溫和莱褒， 把不需要的東西暫時掩藏起來击困，通過Show 可以重現(xiàn)顯示出來。 我們先上述方法保礼，構(gòu)建4hbk 和4hbk_02 兩個object沛励， 這一次把4hbk 設(shè)置成cyan 顏色的cartoon, 4hbk_02設(shè)置成green顏色的ribbon，如圖所示炮障。 如果要掩藏4hbk_02,有2種方法 - 對4hbk_02 點(diǎn)擊H->ribbOn - 直接點(diǎn)擊4hbk_02的名字目派。當(dāng)然，這里展示的時候要選擇不同的展示方式胁赢，如果是相同的展示方式企蹭，是顯示不出來的。


image.png

2.4 查看該結(jié)構(gòu)的序列(Sequence)

點(diǎn)擊左下角的S，即可顯示蛋白的序列信息谅摄，如圖所示,再點(diǎn)擊一次S徒河，則掩藏序列信息。 S是單詞Sequece的縮寫送漠。


image.png

應(yīng)用: 選擇蛋白的特定殘基

我們通過軟件 D3Pockets 可以確定4hbk中口袋中氨基酸殘基的組成：

ILE15-TRP20, TYR39, ASP43-ALA45, VAL47, TYR48, LYS77, TRP79, ASN80,

LEU108, HIS110, TRP111, LEU115, PHE122, LEU130, SER159, ASN160, GLN181,

GLU183, HIS185, 185 207 208 209

210 211 222 223 240 241 243 244

255 256 257 258 263 264 266 267

270 292 293 294 295 298 306

我們點(diǎn)擊Sequence,并將Selecting模式切換為residues,然后基于殘基編號進(jìn)行選擇顽照。
把上述殘基選中以后會臨時保存在sele的object中，我們把它復(fù)制到obj01的Object中闽寡，
并重名為Pocket,然后對Pocket的Object代兵，顯示其表面，結(jié)果如圖所示爷狈。


image.png

2.5 蛋白對象的著色操作

pymol中內(nèi)置了多種不同的著色方案,如圖所示：

  • 按照原子類型著色

點(diǎn)擊object上的 C按鈕 -> by element

  • 按照二級結(jié)構(gòu)著色

  • 按照b-factor著色

  • 按照整體著色

設(shè)置背景顏色

背景顏色默認(rèn)是黑色的植影，發(fā)表文章的時候背景顏色通常設(shè)置為白色。 |
點(diǎn)擊菜單欄中的 Display->background->white 如圖所示：

制作b-factor-value 圖

點(diǎn)擊A->preset->b-factor putty涎永， 如下圖所示：

3. 對象的Label操作

3.1 添加label

選擇需要Label的對象 | 然后點(diǎn)擊對象上的L按鈕思币，根據(jù)需要，可以標(biāo)記殘基的名字羡微，原子的名字谷饿，范德華半徑、元素的名字等拷淘。

  1. L->residue 在α碳原子上標(biāo)記其殘基名字和編號 （常用）
  2. L->residue name 在所有原子上標(biāo)記殘基名字 （不常用）
  3. L->clear 刪除該對象上所有的Label
  4. L->element symbol 顯示對象上所有原子的元素名字
  5. L->vdw radius 產(chǎn)看原子的范德華半徑

對于蛋白醛糖還原酶（PDB ID: 4HBK）,我們在UniProt 數(shù)據(jù)庫中查詢得到各墨，其口袋中的重要?dú)埢校?TYR48、LYS77 和 HIS110启涯。

我們對這三個殘基展示其為stick模式,并掩藏主鏈贬堵，并通過label按鈕標(biāo)注其氨基酸殘基的名字。 移動Label结洼，使其更加清晰可見黎做。具體操作流程如下:

  1. 載入4hbk 蛋白load 4hbk.cif
  2. 在4hbk object 上點(diǎn)擊 S->as cartoon
  3. 點(diǎn)擊右下角的sequence開關(guān)按鈕，選擇 TYR48 LYS77 HIS110 三個殘基松忍，得到sele 臨時object
  4. 在sele object 上點(diǎn)擊 S->stick, H->main chain
  5. 在sele object 上點(diǎn)擊 L->residue
  6. 設(shè)置背景為白色蒸殿，點(diǎn)擊菜單欄中 Display->background->white
  7. 點(diǎn)擊Mouse Mode 切換為 editing 模式
  8. 按住ctrl鍵不放，然后將鼠標(biāo)移動到殘基標(biāo)簽上方鸣峭，并按下鼠標(biāo)左鍵不放宏所，然后移動鼠標(biāo)，就可以調(diào)整標(biāo)簽的位置摊溶。

  9. 調(diào)整結(jié)束后爬骤，點(diǎn)擊Mouse Mode 切換為 view 模式


    image.png

3.2 移動標(biāo)簽label

以PDB ID: 1w22蛋白為例，為其中的鋅離子添加標(biāo)簽莫换。
sphere模式下不能添加label霞玄；借用PS中復(fù)制圖層的概念骤铃。為鋅離子添加label。

step1 選中鋅離子坷剧；
step2 復(fù)制鋅離子惰爬；僅僅顯示該object,并顯示為lincore模式
step3 添加label(右擊new-pseudoatom-label); 進(jìn)入edit模式，按住ctrl移動label惫企，完成后切換回viewing模式
step4 顯示所有的object.


image.png

3.3 設(shè)置label的樣式

3.3.1 調(diào)整配體的位置

pymol中包含配體和蛋白撕瞧，那我們?nèi)绾握{(diào)整配體和蛋白的相對位置。

以PDB ID: 1hkv 為例雅任，其中配體小分子為PLP风范。
step1 打開蛋白文件，定位到想要移動的配體沪么。
step2 extract 操作，提取配體為新的object锌半，并進(jìn)行重命名禽车。
step3 對蛋白進(jìn)行固定（最大化窗口），
step4 在edit模式下刊殉，按住shit 就可以通過鼠標(biāo)移動配體殉摔。(只是空間位置的變動，center還是不變的)


image.png

3.3.2 測量距離

點(diǎn)擊菜單欄中的Wizard->Measurement 就可以進(jìn)行距離測量记焊。然后分別選擇兩個2個原子就可以顯示這2個原子的距離逸月。這里藍(lán)色表示N端， 紅色表示O端遍膜。

比如我們想測定TYR48中側(cè)鏈上的O原子到Lys77側(cè)鏈N原子的距離碗硬，如下操作即可：

  1. 點(diǎn)擊Wizard->Measurement；打開了Measurement 面板瓢颅，位于object list面板下方恩尾；
  2. 選好殘基Y48和K77，鼠標(biāo)點(diǎn)擊TYR48側(cè)鏈上的O原子 和 LYS77 側(cè)鏈上面的N原子挽懦；這里為了方便翰意，我把cartoon部分和主鏈部分給隱掉了。
  3. 如要測定其他2個原子的距離信柿，鼠標(biāo)繼續(xù)點(diǎn)擊選擇2個原子就可以了冀偶；

  4. 測定完成后，點(diǎn)擊Measurement 面板中的done 就可以了渔嚷。


    image.png

3.3.3 突變氨基酸殘基

如把4hbk 中的arg-40 突變成 lys-40,
在菜單中點(diǎn)擊wizard->mutagenesis->protein


image.png

突變前.png

突變后.png

4. 其他技巧

4.1 設(shè)置透明度

鼠標(biāo)操作只能基于顯示模式進(jìn)行設(shè)置进鸠，如：cartoon surface sphere stick等

  1. 將cartoon 設(shè)置成透明的，透明度50%圃伶；點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->cartoon->50%;

  2. 將Surface 設(shè)置成透明的堤如，透明度50%蒲列；點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->surface->50%;

  3. 將Stick 設(shè)置成透明的，透明度50%搀罢；點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->stick->50%;

  4. 將sphere 設(shè)置成透明的蝗岖，透明度50%；點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->sphere->50%;
    除了可以設(shè)置透明度外榔至，還可以設(shè)置透明的方式抵赢，有如下幾種透明模式：

  5. Uni-layer; 點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->Uni-layer

  6. Multi-Layer; 點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->Multi-Layer

  7. Multi-Layer(real time oit); 點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->Multi-layer(real time oit)

  8. Fast-ugly; 點(diǎn)擊菜單欄中的Setting->Transparency->Fast-ugly
    在Label操作中，我們將整個蛋白展示為cartoon,并將HIS 等3個殘基展示為stick模式; 這時候我們設(shè)置cartoon為透明50%唧取，用4種不同的透明模式渲染铅鲤，效果如下：

4.2 霧化(fogging)處理

PyMOL中支持各種霧化處理，保證depth_cue是開啟的枫弟。

前面清晰邢享，后面霧化可通過滾動鼠標(biāo)中鍵進(jìn)行調(diào)節(jié)。

向上滾動淡诗，霧化程度減輕骇塘；向上滾動，霧化程度加深韩容。
完全不想要霧化處理款违，可以點(diǎn)擊 Display->Depth cue (Fogging) 取消。

或者使用命令關(guān)閉群凶。

set depth_cue, 0

4.3 設(shè)置不同的光照模式

PyMOL2 中內(nèi)置5種不同的光照模式：default, metal(金屬), plastic(塑料), rubber(橡膠), X-ray插爹。

點(diǎn)擊Plugin->lighting Settings進(jìn)行設(shè)置不同的光照,如下圖所示圖。

4.4 選擇模式

根據(jù)不同的需求请梢，切換到不同的選擇模式赠尾，快速選擇自己想要的原子：

  1. Residues 殘基選擇模式
  2. Atoms 原子選擇模式
  3. Molecules 分子選擇模式
  4. chain 鏈選擇模式
  5. Objects 模式
  6. C-alphas α碳原子模式
  7. Segments 片段模式

我們先將蛋白Show->as wire;然后把MET-1第一個氨基酸殘基show stick;如圖所示，
金色的表示S原子溢陪。
從上圖我們也可以看到萍虽，不同模式的區(qū)別。這里我簡單解釋下:

res模式：我們點(diǎn)擊的是硫原子形真，硫原子所在的res是MET-1,因此選中的是MET-1
chain模式：我們點(diǎn)擊的是硫原子杉编，硫原子所在的chain A,因此選中的是所有屬于chain A的原子。
mol 模式： 我們點(diǎn)擊的是硫原子咆霜，pymol 中是通過共價鍵來區(qū)分是否屬于一個分子邓馒，4hbk 蛋白中間缺失了部分殘基，整個蛋白分成了2部分蛾坯。這里選擇的是硫原子所在的那一部分光酣。

5. 保存或者導(dǎo)出結(jié)果

PyMOL 和 PhotoShop 有點(diǎn)類似，PyMOL中的Object 類似于 PhotoShop中的圖層脉课。

  1. PyMOL 可以將會話保存為pse文件救军，F(xiàn)ile->Save Session财异；pse 文件類似于PS中的psd文件，方便修改調(diào)整唱遭。
  2. PyMOL 可以將object 導(dǎo)出為結(jié)構(gòu)文件戳寸，F(xiàn)ile->export molecule，然后從selection的下拉框中選擇需要導(dǎo)出的object, all 代表所有的object; enable 代表的可見的object;
  3. 保存圖片拷泽，F(xiàn)ile->export image as->png; 在新版本的疫鹊，可以使用右上角的Ray/Trace按鈕，設(shè)置圖片大小 分辨率司致，進(jìn)行保存圖片拆吆。

4. 保存動畫，F(xiàn)ile->export movie as->mpeg; PyMOL僅僅內(nèi)置了 mpeg_encode 編碼視頻方式脂矫，默認(rèn)只能保存mpg格式的動畫枣耀。 可自行下載ffmpeg,從而可以保存為多種格式，如gif,mov,mpg等

設(shè)置pse的版本號庭再，建議版本為0.99奕枢， 這樣PyMOL 和 PyMOL2都可以打開pse 文件

set export_pse_version,0.99

刪除蛋白的一條鏈，然后保存為pdb

  • step1. 切換到chain模式
  • step2. 點(diǎn)擊需要需要刪除的Chain就可以選中chain
  • step3. 對新產(chǎn)生的sele object進(jìn)行刪除佩微。

移動object在列表中的順序
鼠標(biāo)右擊待移動的object,按住鼠標(biāo)不放，移動鼠標(biāo)萌焰，調(diào)整object在列表中順序哺眯。

參考鏈接
http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/startManual.html#id10

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